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[新手求助] 求助:利用静电势值和HOMO-LUMO gap值判断有机分子对金属离子的反应亲和性

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本帖最后由 zhangby 于 2025-5-19 00:06 编辑

各位老师好,我的研究体系中有以下几种分子结构(如下图1所示),想问一下各位老师,能不能通过静电势值判断该分子与金属离子亲和性,具体来说:静电势值越负,是否该分子与金属离子亲和性越强,进而能否得出“静电势值越低的构型的分子更容易与金属离子配位”?此外,之前读过卢天老师的“正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO”(http://sobereva.com/543)的帖子,里面提到“对于类似体系,谁的HOMO-LUMO gap值越小,谁的反应活性就越高”,那么对于我的这个体系,是否越容易与金属离子配位的构型,其HOMO-LUMO gap值是不是就该越小?然而,我的计算结果却显示,静电势值最负的构型,其HOMO-LUMO gap值却最大,这是什么原因呢?

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图1

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发表于 Post on 2025-5-19 00:30:53 | 只看该作者 Only view this author
拿HOMO-LUMO gap根本说明不了什么问题,极其粗糙

用Multiwfn按下文获得结合金属位点处的表面静电势极值点的静电势,可以用来比较结合的难易程度,然而这种做法并没有考虑结合位点的可极化特征的差异,而只是纯静电角度分析
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

如果结合可极化特征讨论,可以同时查看Multiwfn给出的结合位点的ALIE,数值越小越容易极化,可能配位作用越强。ALIE和静电势一样也可以作图考察
使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)
http://sobereva.com/514http://bbs.keinsci.com/thread-14632-1-1.html

由于体系很小,计算与金属离子的结合能非常容易,因此应当以结合自由能作为最终判据,而建议以上分析主要用于解释差异的目的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-19 00:59:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-19 00:30
拿HOMO-LUMO gap根本说明不了什么问题,极其粗糙

用Multiwfn按下文获得结合金属位点处的表面静电势极值 ...

感谢老师的回复。
请问您说的“与金属离子的结合能”和“结合自由能”具体是指什么能呢?

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发表于 Post on 2025-5-19 06:17:46 | 只看该作者 Only view this author
zhangby 发表于 2025-5-19 00:59
感谢老师的回复。
请问您说的“与金属离子的结合能”和“结合自由能”具体是指什么能呢?

就是一般意义的,参考:
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-19 12:03:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-19 06:17
就是一般意义的,参考:
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733(http://bb ...

非常感谢老师的解答

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