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[Gaussian/gview] 求助:二价铜络合物结构优化出错,铜离子紧贴磷酸根

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本帖最后由 lph 于 2025-5-23 12:41 编辑

各位老师好,我采用g09对Cu2+的络合物进行结构优化,采用#p M062x/def2TZVP  opt  scrf=(pcm,solvent=water)级别进行计算。结构会出错,看上去类似基组或者赝势选错了,不知道是啥原因。

gaussian09.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-23 12:37:35 | 只看该作者 Only view this author
结构图如下

202505231237088943..png (14.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

202505231237088943..png

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发表于 Post on 2025-5-23 12:58:07 | 只看该作者 Only view this author
这俩配体似乎和DNA里面的deoxyadenosine monophosphate (dAMP)及deoxyguanosine monophosphate (dGMP)在脱氧核糖上有不同的羟基……?

M06-2X的参数是参考主族元素设计的,不适合有过渡金属的几何优化,而且初始结构并不是很好,Cu2+离配位原子都太远了。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-23 13:03:09 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-23 12:58
这俩配体似乎和DNA里面的deoxyadenosine monophosphate (dAMP)及deoxyguanosine monophosphate (dGMP)在脱 ...

好的,多谢。我换一个泛函试一试,然后初始结构改合理一些

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发表于 Post on 2025-5-24 12:31:04 | 只看该作者 Only view this author
M062X对Cu不准不是本质原因,本质原因是没有对Cu做显式溶剂化
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-5-25 06:36:41 | 只看该作者 Only view this author

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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