两种方式将Gaussian输出文件转换成.gjf文件，得到的构象和坐标问题

wwwwwt · 发表于 Post on 2025-5-23 15:20:11

我有许多个几何优化后的Gaussian输出文件，希望获得之中最后一帧的结构，并用于单点能计算，我做了接下来两个步骤：
1、我利用博文一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元中的方法，将Gaussian输出文件.log转换成了.gjf文件，文件如下：

P000011.gjf (664 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)
2、我将输出文件用gauss view 打开，并将最后一帧保存为.gjf文件，文件如下：

P000011_1.gjf (879 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)
有这几个问题
1、发现两种方法得到的gjf文件在用gauss view 打开后，其分子构象相反（应该是卢皇上述博文里讲的分子朝向问题），朝向相反会影响最终的单点能计算结果吗？

2、发现两种方法得到的gjf文件种，分子的笛卡尔坐标存在细微的差距，例如第一个C的X坐标，差别在0.0025。请问这样的差别会不会影响最终的单点能计算结果？

Dyyyzz · 发表于 Post on 2025-5-23 16:12:18

1. 不影响。
2. 不影响。
只是为了算个单点的话最简单的方法就是你做的第二种方法。
通过不同的方法保存下来的结构有位置、坐标的差异很正常，但结构是同一个，不信你测一下键长键角就知道了。

chands · 发表于 Post on 2025-5-23 16:19:21

应该是GaussView改变了分子的朝向。对单点能计算都没影响。因为你算的是分子内部的能量（电子的动能，电子与原子核之间相互作用的势能，原子核之间相互作用的势能），不是分子整体的能量（分子整体的动能，分子与外界作用的势能等）

wwwwwt · 发表于 Post on 2025-5-23 16:38:42

Dyyyzz 发表于 2025-5-23 16:12
1. 不影响。
2. 不影响。
只是为了算个单点的话最简单的方法就是你做的第二种方法。

谢谢，明白了，主要是为了大量输出文件的转换，所以要涉及第一种方式

wwwwwt · 发表于 Post on 2025-5-23 16:39:16

chands 发表于 2025-5-23 16:19
应该是GaussView改变了分子的朝向。对单点能计算都没影响。因为你算的是分子内部的能量（电子的动能，电子 ...

谢谢，明白了

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2025-5-24 14:52:09

应该是输出文件里Input orientation和Standard orientation的区别。

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