关于gromacs2024.5通过colvars计算富勒烯之间的PMF，停止采样的问题

dumsky2019928 · 发表于 Post on 2025-5-23 15:27:55

大家好，我想请教一下如下问题：使用gromacs2024.5，通过colvars计算富勒烯之间的PMF，在运行到3亿多步的时候，colvars的相关信息输出就停滞了，此外gromacs似乎也不在log文件中输出热力学信息了，但cpt文件一直在更新，不知道是不是出了什么bug？我目标是要跑10亿步

jamesl · 发表于 Post on 2025-5-23 16:32:18

我也遇到这个问题了，分析了一下可能是因为colvars把数据写到cpt文件里了，cpt文件很大，导致写入cpt的时间大于gromacs写cpt文件的间隔，从而一直在写cpt

dumsky2019928 · 发表于 Post on 2025-5-24 00:43:00

jamesl 发表于 2025-5-23 16:32
我也遇到这个问题了，分析了一下可能是因为colvars把数据写到cpt文件里了，cpt文件很大，导致写入cpt的时间 ...

请教一些是否有解决方案？我这里也是chekpoint奇大无比

jamesl · 发表于 Post on 2025-5-29 18:00:32

可以把写cpt的时间间隔增大，比如-cpt 1440，每天只产生一个cpt文件，能够缓解这一问题

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[GROMACS] 关于gromacs2024.5通过colvars计算富勒烯之间的PMF，停止采样的问题