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[综合交流] 课题组分子动力学模拟的服务器配置选择

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本帖最后由 Jingle_zzz 于 2025-5-28 11:38 编辑

大家好!
课题组想组装一台用于分子动力学模拟的服务器,主要做LAMMPS,预算在三万左右,如果这个价格打不住,可以稍稍超一点预算。
ps. 组里分子模拟刚起步,还没人做这方面。
老师让我自己组个工作站,到时候大家学会了一起用。

根据Sob老师的推荐(http://sobereva.com/444),按开GPU加速配置的,请教了其他做分子动力学模拟的同学,在Sob老师推荐的配置的基础上进行了一些修改。
Sob老师推荐配置:
极高性能分子动力学服务器推荐配置
CPU:AMD Ryzen 9 7950X(16核,4.5-5.7G,集显)
主板:技嘉B650M AORUS ELITE AX 小雕
CPU、主板套装价约4250
散热器:瓦尔基里GL360水冷 630元
硬盘:希捷 银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)  1330
显卡:微星4090D-魔龙SLIM-24G  15000(预算不够的话用微星万图师RTX 4080 SUPER 16G VENTUS 3X OC,9000)
内存:2*金士顿FURY 32GB DDR5-5200  2*650
电源:海韵FOCUS GX-1000 ATX3 1300
机箱:先马黑洞X  390
键盘鼠标:罗技MK200 多媒体套装  80
总价:约24300


想请大家帮忙看看下图图片我这套配置是否可以,暂定配一台,考虑到课题组未来长期发展,目前这个配置是否够用?有哪些需要改进和提升地方,十分感激!




2025-05-28_110044.png (22.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

暂定配置

暂定配置

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发表于 Post on 2025-5-29 08:24:52 | 只看该作者 Only view this author
没事别瞎改配置,我推荐的配置每个地方都恰到好处
用什么金河田的破电源,完全莫名其妙,这都是口碑倒数的牌子。用Intel i9作甚,大小核的设计对纯CPU计算完全是碍事,尤其是以后要拿来跑跑Gaussian、CP2K的情况下。nVidia没拼对,并且显卡的品牌、规格必须说清楚,即便是同一个牌子同一个GPU也往往有不同规格(散热和频率都基本的,以及高频、散热更好的),价格能差不少。

而且你说的不是我当前推荐的配置,当前http://sobereva.com/444推荐的是
CPU:AMD Ryzen 9 9950X(16核,散片,集显)
主板:技嘉B650M AORUS ELITE 小雕
CPU、主板套装价约4850
散热器:酷冷至尊暴雪T620S  170
硬盘:希捷 银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)  1430
显卡:技嘉魔鹰RTX4090D 24GB 18500
内存:2*金士顿FURY 32GB DDR5-5600  2*680
电源:先马XP1200 700
机箱:先马黑洞PRO 250
键盘鼠标:罗技MK200 有线键鼠套装  80
总价:约27300
你若以后考虑要做量化、第一性原理计算,可以改成2条64GB(而非4条32GB)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 10:20:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-29 08:24
没事别瞎改配置,我推荐的配置每个地方都恰到好处
用什么金河田的破电源,完全莫名其妙,这都是口碑倒数的 ...

非常感谢Sob老师的解答!

不过听说AMD和4090一起跑的时候容易报内存错误,请问这个情况实际存在吗?

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发表于 Post on 2025-5-29 12:01:03 | 只看该作者 Only view this author
Jingle_zzz 发表于 2025-5-29 10:20
非常感谢Sob老师的解答!

不过听说AMD和4090一起跑的时候容易报内存错误,请问这个情况实际存在吗?

我没听说过
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-30 10:25:53 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢Sob老师!我们就先按照这个配置进行购买。

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