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[GROMACS] 请教关于蛋白-小分子动力学模拟的tc-grps的设置问题

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用gromacs做蛋白-小分子动力学模拟的时候,在热浴NVT之前,需要把蛋白和小分子绑定在一起,mdp文件也要把tc-grps做相应修改,例如改成Protein_lig Water_and_ions。那么在热浴之后的NPT操作以及真正的动力学模拟过程的相应的mdp文件是否也要修改相应的tc-grps,和NVT过程保持一致?如果是使用默认的Protein Non-protein结果会有什么不同呢?谢谢!

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发表于 Post on 2025-6-1 23:33:44 | 只看该作者 Only view this author
本来做NVT这一步就是多余的,论坛里我反复说过很多次

耦合强烈的部分通常设成同一个控温组,除非配体会从蛋白质口袋中跑飞,否则控温组用Protein_lig Water_and_ions就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-2 01:12:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-1 23:33
本来做NVT这一步就是多余的,论坛里我反复说过很多次

耦合强烈的部分通常设成同一个控温组,除非配体会 ...

那后面NPT, MD步骤中的mdp文件中的tc项也要改成和NVT的一样吗?

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发表于 Post on 2025-6-2 10:58:53 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2025-6-2 01:12
那后面NPT, MD步骤中的mdp文件中的tc项也要改成和NVT的一样吗?

都说了,根本不需要做NVT
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-2 11:41:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-2 10:58
都说了,根本不需要做NVT

不做NVT,也要做后面的NPT和后面真正的MD吧,这时候tc-grps的修改还是保持Protein_lig Water_and_ions还是默认的Protein Non-protein呢?

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发表于 Post on 2025-6-2 17:07:34 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2025-6-2 11:41
不做NVT,也要做后面的NPT和后面真正的MD吧,这时候tc-grps的修改还是保持Protein_lig Water_and_ions还是 ...

NPT本来就是MD中的一个系综,注意用词、描述的规范。看下文第20条
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-6 10:11:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-2 17:07
NPT本来就是MD中的一个系综,注意用词、描述的规范。看下文第20条
计算化学中的一些常见不良写法和用词
...

谢谢!

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