求助：关于gmx hbond计算氢键出现的错误

yolo-blossom · 发表于 Post on 2025-6-3 15:03:57

各位老师好，我目前想要利用gmx hbond命令计算指定蛋白原子组之间的氢键，首先是利用gmx make_ndx -f result.gro -o index.ndx命令生成了指定的原子组，然后利用gmx trjconv -f result.xtc -s md.tpr -o 40-50ns.xtc -b 40000 -e 50000 -pbc mol -center -ur compact处理了轨迹文件，使得蛋白居中，保存10ns的轨迹文件。最后利用gmx hbond -f 40-50ns.xtc -s md.tpr -n index.ndx -num -hbn -hbm命令计算生成了hbmap.xpm hbnum.xvg hbond.ndx三个文件，hbmap.xpm hbnum.xvg分别如下图所示。但是现在在hbond.ndx文件的[ hbonds_Protein ]部分中，并没有正确显示氢键具体是由哪三个原子之间形成，中间原子一直显示的序号是-1,请问各位老师这是什么问题,

hbond.ndx

hbnum.xvg

hbmap.xpm

hbond.ndx (1.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

hbnum.xvg (342.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

hbmap.xpm (207.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：关于gmx hbond计算氢键出现的错误

浏览过的版块