审稿人对GAFF力场二面角参数可靠性提出疑问

2421886719 · 发表于 Post on 2025-6-5 16:12:40

本帖最后由 2421886719 于 2025-6-5 16:15 编辑

各位老师好，
我基于sobtop官网的例2（Sobtop）生成了有机小分子的itp文件，分子大概是这种的：

然后使用gromacs跑了MD，现在审稿人针对GAFF力场的二面角参数可靠性提出了疑问："When buildingforce field parameters, the author optimized some dihedral angles. To verifythe force field parameters' reliability, it's suggested to provide a comparison of critical dihedral angle DFT and GAFF parameters."
请问这个critical dihedral angle是什么意思呀？还有这种比较具体应该怎么操作呀，怎么通过DFT计算得到这个critical dihedral angle呢？

pal · 发表于 Post on 2025-6-5 16:32:07

这个看起来是gaff力场里面缺少了一些二面角参数，所以有些二面角参数是作者自己优化的，审稿人要求证明自己优化的二面角参数的合理性

2421886719 · 发表于 Post on 2025-6-5 16:37:22

pal 发表于 2025-6-5 16:32
这个看起来是gaff力场里面缺少了一些二面角参数，所以有些二面角参数是作者自己优化的，审稿人要求证明自己 ...

老师您好，我是基于sobtop例二的方法生成的itp文件，缺失的二面角参数也是sobtop自动指认的，您的意思是我只需要针对缺失参数的二面角进行参数比较是吗

pal · 发表于 Post on 2025-6-5 17:09:30

2421886719 发表于 2025-6-5 16:37
老师您好，我是基于sobtop例二的方法生成的itp文件，缺失的二面角参数也是sobtop自动指认的，您的意思是 ...

意见里面提到“the author optimized some dihedral angles”，是不是文章里有描述让审稿人觉得对一些参数进行了优化。

2421886719 · 发表于 Post on 2025-6-5 17:44:34

pal 发表于 2025-6-5 17:09
意见里面提到“the author optimized some dihedral angles”，是不是文章里有描述让审稿人觉得对一些参 ...

嘶，因为文章里的MD不是重点，所以正文只用了三句话对MD的结果进行了分析，正文和SI甚至没有出现 dihedral angles这两个单词，不知道审稿人为什么这么说

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-6 00:36:15

2421886719 发表于 2025-6-5 16:37
老师您好，我是基于sobtop例二的方法生成的itp文件，缺失的二面角参数也是sobtop自动指认的，您的意思是 ...

弄清楚缺的是什么二面角
如果是关键的二面角参数（显著影响整体构象的），不能随便凑合，该自己拟合自己拟合。

风起~ · 发表于 Post on 2025-6-6 10:49:34

看ztop 专门有这个的
你这个没算二面角参数指定不行

2421886719 · 发表于 Post on 2025-6-11 10:54:57

sobereva 发表于 2025-6-6 00:36
弄清楚缺的是什么二面角
如果是关键的二面角参数（显著影响整体构象的），不能随便凑合，该自己拟合自己 ...

好的，感谢Sob老师

2421886719 · 发表于 Post on 2025-6-11 10:55:22

风起~ 发表于 2025-6-6 10:49
看ztop 专门有这个的
你这个没算二面角参数指定不行

谢谢老师！

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Sobtop] 审稿人对GAFF力场二面角参数可靠性提出疑问

浏览过的版块