可以用gaussian考察核素-螯合物的结合稳定性吗

MEILE · 发表于 Post on 2025-6-5 16:54:40

本帖最后由 MEILE 于 2025-6-6 09:45 编辑

老师们好！我现在打算做不同放射性核素和不同螯合物结合稳定性的比较，我的想法是：
1.Gaussview画出所有放射性核素-螯合物结构[如：227Th-noneunpa(如下图）,68Ga-DOTA\NOTA\HBEDCC,225Ac-DOTA,177Lu-DOTA等]，但是不确定结构是否正确，是否需要做构想搜索？有推荐的构象搜索的工具吗？
2.结构确定后，用Gaussian做几何优化和频率分析。其中构建gjf时，所有不同核素的赝势基组选择是否要保持一致，若像Ga,Ac一个是过渡金属，一个是锕系元素，能保持一致吗？
3.计算结合能：可以分别计算放射性核素-螯合物、放射性核素、螯合物的单点能，后用复合物单点能-放射性核素单点能-螯合物单点能=结合能吗？
4.可以通过以上步骤比较不同放射性核素-螯合物的结合稳定能力吗？该方法有可行性吗？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-6 00:38:13

交代清楚你说的核素具体指什么

那叫GaussView不叫Gaussian view

MEILE · 发表于 Post on 2025-6-6 09:30:15

sobereva 发表于 2025-6-6 00:38
交代清楚你说的核素具体指什么

那叫GaussView不叫Gaussian view

谢谢老师。我已做核素-螯合物举例和GaussView名称修改，麻烦您解答

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-7 01:43:58

1 这不属于一般意义的构象搜索问题。自己根据配位化学常识（并google搜索相关元素的配合物了解相关知识），自己摆各种可能的配合物结构尝试优化

2 Ga根本不是过渡金属，而是IIIA族元素。而且对于第四周期元素来说，用赝势基组根本就不是绝对必须的，仔细看下文
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）
本来都是不同元素，同一个基组对不同元素的定义也不同，根本就不存在什么基组要一致的要求，别想多了。

3 螯合物本身就已经包含中心金属在内了，你这种说法非常奇怪。你若要计算金属与配体的结合自由能，用配合物的自由能减去配体的自由能和金属自由能。我这里假定是气相下结合，溶剂环境下更为复杂

4 算配体结合自由能

MEILE · 发表于 Post on 2025-6-9 09:28:32

sobereva 发表于 2025-6-7 01:43
1 这不属于一般意义的构象搜索问题。自己根据配位化学常识（并google搜索相关元素的配合物了解相关知识）， ...

好的，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-9 17:33:43

MEILE 发表于 2025-6-9 10:12
老师，我还有个问题，赝势基组选择的不一样，最后所得的配体结合自由能是不是不能进行比较了？比如说Ac-D ...

Ac-DOTA和Ga-DOTA里面共有的DOTA部分用的基组、赝势（若用赝势的话）必须相同，Ac和Ga可以不同

MEILE · 发表于 Post on 2025-6-10 09:09:03

sobereva 发表于 2025-6-9 17:33
Ac-DOTA和Ga-DOTA里面共有的DOTA部分用的基组、赝势（若用赝势的话）必须相同，Ac和Ga可以不同[/backcolo ...

好的，谢谢sob老师

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