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[Sobtop] sobtop计算聚合物的电荷一直显示为0

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想算各组分的gaff力场下的电荷和参数,,其他文件均已得到,使用sobtop计算所需要的聚合物的电荷时,屏幕显示聚合物内原子的电荷都为0,具体不知道怎么解决,先前用的oplsaa力场在ligpargen下使用1.14*CM1电荷,不知道是否可以这gromacs下的gaff力场下使用

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发表于 Post on 2025-6-6 18:30:41 | 只看该作者 Only view this author
sobtop本身不具有计算电荷的功能。

如果是分子量很高的聚合物,用sobtop调用OpenBabel计算电荷是最省事的。
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-6 19:50:59 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2025-6-6 18:30
sobtop本身不具有计算电荷的功能。

如果是分子量很高的聚合物,用sobtop调用OpenBabel计算电荷是最省事 ...

我是用sobtop调用OpenBabel计算电荷的,但还是显示为0

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发表于 Post on 2025-6-7 01:57:47 | 只看该作者 Only view this author
huangzi 发表于 2025-6-6 19:50
我是用sobtop调用OpenBabel计算电荷的,但还是显示为0

先说清楚聚合物是什么样的。本来MMFF94电荷对于饱和烷烃的C、H的原子电荷根据定义就都正好为0

GAFF不要结合1.14*CM1电荷。若追求严格一律用Multiwfn算RESP电荷,参看http://sobereva.com/soft/Sobtop里关于设置聚合物原子电荷的说明

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-8 19:14:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-7 01:57
先说清楚聚合物是什么样的。本来MMFF94电荷对于饱和烷烃的C、H的原子电荷根据定义就都正好为0

GAFF不 ...

sob老师,您好,这是我计算的聚合物的单体,计算的聚合物为10个单体,然后我又计算了pvdf-hfp的电荷也是显示为0

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发表于 Post on 2025-6-9 17:21:55 | 只看该作者 Only view this author
huangzi 发表于 2025-6-8 19:14
sob老师,您好,这是我计算的聚合物的单体,计算的聚合物为10个单体,然后我又计算了pvdf-hfp的电荷也是 ...

仔细看Multiwfn调用openbabel算MMFF94原子电荷的提示试图搞清楚情况
说不清楚就上传输入文件便于别人重复
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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