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[CP2K] 关于小分子在晶体表面吸附能计算BSSE校正的问题

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本帖最后由 THY 于 2025-6-6 22:09 编辑

各位老师,本人使用CP2K计算小分子在晶体表面吸附的过程,想要计算吸附能,用的是普通基组DZVP-MOLOPT-SR-GTH,因此需要考虑BSSE校正的问题,按照sob老师的Multiwfn生成的含有BSSE校正的inp文件,计算结果如下图:


现在本人有几点疑问不明白:
1.这里的最后一行BSSE-free interaction energy代表的就是经过BSSE校正后的吸附能吗?

2.对于引入BSSE校正计算,是应该需要先搭建一个吸附模型,然后对吸附模型先几何优化,将几何优化后的模型,通过Multiwfn生成含有BSSE校正的inp文件,再进行计算吗?

3.如果是按照第2条所说,岂不是不用单独算gas和slab的能量了?


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发表于 Post on 2025-6-6 23:30:24 | 只看该作者 Only view this author
1. 不一定是吸附能,要看你的反应方程式怎么写,还有吸附前后结构有没有很明显的变化
2. 是
3. 同1中,观察下吸附前后构象的变化再决定

另外:建议直接用更好的计算级别直接算单点(加上bsse更好),用OT的话不会多花太多的计算资源的

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发表于 Post on 2025-6-7 02:01:40 | 只看该作者 Only view this author
没有任何理由算能量还用DZVP-MOLOPT-SR-GTH这么小的基组。最起码用TZVP-MOLOPT-GTH档次。下文还特意提到了乱用DZVP-MOLOPT-SR-GTH算相互作用能的问题
驳网上流传的对CP2K缺点的不实描述
http://sobereva.com/729http://bbs.keinsci.com/thread-50094-1-1.html

并且认真把下文看了搞清楚逻辑。对于slab吸附分子同理
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-7 15:23:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-7 02:01
没有任何理由算能量还用DZVP-MOLOPT-SR-GTH这么小的基组。最起码用TZVP-MOLOPT-GTH档次。下文还特意提到了 ...

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-7 15:31:03 | 只看该作者 Only view this author
ultramanm87 发表于 2025-6-6 23:30
1. 不一定是吸附能,要看你的反应方程式怎么写,还有吸附前后结构有没有很明显的变化
2. 是
3. 同1中,观 ...

谢谢老师解答,我参考了sob老师这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html,里面提到吸附能=相互作用能+形变能,也就是说吸附能是包含形变能的吗?

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发表于 Post on 2025-6-8 01:32:49 | 只看该作者 Only view this author
THY 发表于 2025-6-7 15:31
谢谢老师解答,我参考了sob老师这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html,里面提到吸附能= ...

一般说的吸附能是如此
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-8 17:10:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-8 01:32
一般说的吸附能是如此

老师,也就是说加了BSSE校正的out文件中:

1. BSSE-free interaction energy表示的就是一般意义上的吸附能了?

2. 只是说因为基组的问题,这个数值不准确而已?

3. 但是计算过程或者计算流程是正确的?

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发表于 Post on 2025-6-9 17:20:23 | 只看该作者 Only view this author
THY 发表于 2025-6-8 17:10
老师,也就是说加了BSSE校正的out文件中:

1. BSSE-free interaction energy表示的就是一般意义上的吸 ...

1 是相互作用能。没考虑变型能。相互作用能和吸附能/结合能的差别在我前面提到的博文里说得没法更清楚了

2、3 语义不明。什么叫不准确,相对于什么不准确
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-10 10:09:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-9 17:20
1 是相互作用能。没考虑变型能。相互作用能和吸附能/结合能的差别在我前面提到的博文里说得没法更清楚了
...

老师,您好!
第2条:使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH+BSSE计算的结果不如直接使用TZVP-MOLOPT-GTH准确?

第3条:计算流程是:先对吸附模型(E_AB)进行几何优化,对几何优化后的restart文件,通过Multiwfn生成含有BSSE校正的inp文件,再进行计算,期间不需要单独对E_A和E_B进行计算

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发表于 Post on 2025-6-10 12:08:45 | 只看该作者 Only view this author
THY 发表于 2025-6-10 10:09
老师,您好!
第2条:使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH+BSSE计算的结果不如直接使用TZVP-MOLOPT-GTH准确?

2 不一定。TZVP-MOLOPT-GTH同时再用counterpoise原理上更准确

3 如果你要算相互作用能,是这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-10 19:26:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-10 12:08
2 不一定。TZVP-MOLOPT-GTH同时再用counterpoise原理上更准确

3 如果你要算相互作用能,是这样

明白了,谢谢老师的耐心回答

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