gromacs限制性模拟报错Atom index (1688) in position_restraints out of bounds

qyl

ERROR 1 [file posre.itp, line 1692]:
  Atom index (1688) in position_restraints out of bounds (1-1687).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "position_restraints" section to the right molecule.
所用命令：
gmx genrestr -f solv_ions.gro -o posre.itp
gmx grompp -f md_NVT.mdp -c em.gro -p dextran12.top -o NVT.tpr
利用sobtop产生单分子dextran12的top文件，向盒子中插入指定数目的溶质和溶剂分子。利用溶剂化后的solve_ions.gro文件产生posre.itp文件（限制了两个溶质分子）。

sobereva

“利用sob产生单分子的top文件”完全语义不明。如果是指sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop），别随意简写

拓扑文件要给就给完整，当前posre.itp根本没提供
[position_restraints]字段是对于前面紧挨着的[moleculetype]而言的，能用的原子序号也必须都是这个[moleculetype]里的[atoms]范围里的，而不是全局序号。搞清楚这个逻辑修正错误

qyl

sobereva 发表于 2025-6-7 02:07
“利用sob产生单分子的top文件”完全语义不明。如果是指sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop），别随 ...

谢谢老师，我已经修改了。但posre.itp是限制的两个溶质分子，但dextran12.top是单个溶质分子的文件，前后对应不上怎么办？

sobereva

qyl 发表于 2025-6-7 17:54
谢谢老师，我已经修改了。但posre.itp是限制的两个溶质分子，但dextran12.top是单个溶质分子的文件，前后 ...

如果两个类型的分子都要做位置限制，要在各自[moleculetype]里各写一个[position_restraints]
始终记住[position_restraints]是[moleculetype]里所属的字段

qyl

sobereva 发表于 2025-6-8 01:33
如果两个类型的分子都要做位置限制，要在各自[moleculetype]里各写一个
始终记住是[moleculetype]里所属 ...

好的，那我还需要再用sobtop生成一个两个溶质分子的top文件和itp文件吗?

sobereva

qyl 发表于 2025-6-8 20:46
好的，那我还需要再用sobtop生成一个两个溶质分子的top文件和itp文件吗?

把要添加位置限制的溶质分子专门弄一个[moleculetype]，内容和不被限制的完全一样，只不过分子名不同。只有那两个溶质分子用这个带了位置限制的[moleculetype]
注意我说的[moleculetype]都是对单个分子而言的

qyl

sobereva 发表于 2025-6-9 17:31
把要添加位置限制的溶质分子专门弄一个[moleculetype]，内容和不被限制的完全一样，只不过分子名不同。只 ...

好的，谢谢老师