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[Gaussian/gview] Gaussian多核性能问题:4核以上运行失败

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本帖最后由 ququ 于 2025-6-8 18:33 编辑

我的系统架构为arch 64,通过exagear工具将其转换为x86_64架构后安装了Gaussian。安装完成后,使用水分子结构进行测试,发现只有设置4核或以下时计算能够正常进行。然而,当使用8核、16核或32核等其他核数时,计算均会失败。以下是具体内容。
Gaussian版本信息:
Gaussian 16:  EM64L-G16RevB.01 20-Dec-2017
                 7-Jun-2025
水分子的计算文件



使用4核正常运行


使用超过4核的核数,例如16或32核出现下面报错

相关log文件


4_water.gjf

165 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

使用4核计算水分子输入文件

4_water.log

56.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

使用4核计算水分子输出文件

8_water.gjf

165 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

使用8核计算水分子输入文件

8_water.log

10.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

使用8核计算水分子输出文件

another_server_16_water.gjf

166 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

使用16核在另一台服务器上计算水分子输入文件

another_server_16_water.log

56.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

使用16核在另一台服务器上计算水分子输出文件

water.gjf

205 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

加入 guess=INDO SCF=novaracc int=grid=300974关键字输入文件

water.log

9.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

加入 guess=INDO SCF=novaracc int=grid=300974关键字输出文件

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发表于 Post on 2025-6-7 21:54:05 | 只看该作者 Only view this author
换Windows试试

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发表于 Post on 2025-6-8 01:20:42 | 只看该作者 Only view this author
根据输出文件里的报错,按照北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)幻灯片说的解决:


然而此问题的出现在原理上跟用的核数没有任何直接关系。8成是你没描述对实际遇到的情况。说你说不清楚,把4核和8核的输入输出文件都上传,并且严格确保输入文件和输出文件是对应的

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-8 19:17:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-8 01:20
根据输出文件里的报错,按照北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)幻灯片说的解决:
...


感谢sob老师的解答,我在帖子中已附上相关的输入和输出文件。并且对于另外许多结构,均会出现以上情况。很奇怪的是对于同样的输入文件,我使用任意核数在另外一台服务器上却都能够正常计算。另外我加入了 guess=INDO SCF=novaracc int=grid=300974关键字,结果仍然出现 Inaccurate quadrature in CalDSu.的问题,只有使用Int=NoXCTest才会避免出现这个问题,但是一旦核数加大的话,即便使用Int=NoXCTest,最终输出的log文件还是会提示 SCF has not converged.  Gradients and post-SCF results would be GARBAGE!! 此外我想优化结构计算分子的静电势,不知道使用Int=NoXCTest是否会对结果有较大的影响。还请老师能够指导一二。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-8 19:18:46 | 只看该作者 Only view this author

由于需要计算的结构非常多,使用Windows计算会很缓慢,所以先不考虑

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发表于 Post on 2025-6-9 17:17:31 | 只看该作者 Only view this author
我在双路7R32上96核并行跑这个没任何问题
water.out (54.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

只能怀疑你当前的特殊运行方式的问题。尽量避免用非主流的软硬件条件跑计算。
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