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[综合交流] 求助:磷脂层附近出现离子聚集现象

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本帖最后由 MGRACE 于 2025-6-10 18:14 编辑

老师们好,目前在模拟POPG和POPE构成的细胞膜处在0.6mol/L的NaCl的水溶液中的行为,离子使用amber14sb中的离子参数,水使用TIP3P,脂质力场使用lipid17。但在模拟20ns后出现离子聚集现象,有什么推荐的解决方案吗?gro文件太大无法上传

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2#
发表于 Post on 2025-6-10 23:00:35 | 只看该作者 Only view this author
AMBER自带的离子参数在浓度较高时会结晶,之前论坛里我说过多次
改用更好的离子参数,比如KBFF、Madrid-2019的
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