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[GROMACS] packmol构建的甲醇-水两相体系进行压浴后出现体系分散

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各位老师同学好,最近在用packmol构建甲醇和水的两相体系,得到的.pdb文件在gromacs进行能量最小化后进行热浴(图1,肉眼看还是有水聚集的情况存在)压浴,其中压浴先用C-rescale进行压浴,然后用Parrinello-Rahman压浴,这时提示但没有报错: Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahman pressure coupling during equilibration can lead to simulation instability, and is discouraged. 得到的.gro文件特别分散,其中有大部分水聚集在一起(图2),甲醇分子比较分散,因为出现以上情况故没有继续进行下一步,特意来向各位请教,谢谢!


packmol.inp (233 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) npt_berendsen.mdp (804 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2) npt_production.mdp (1.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2025-6-16 20:01:50 | 只看该作者 Only view this author
我之前做的时候也出现过这个问题,可能是压浴的时间常数有问题,不敢误人子弟,还是等大佬们看看吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-16 20:28:54 | 只看该作者 Only view this author
xzeli 发表于 2025-6-16 20:01
我之前做的时候也出现过这个问题,可能是压浴的时间常数有问题,不敢误人子弟,还是等大佬们看看吧

谢谢你的回复

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发表于 Post on 2025-6-17 05:47:27 | 只看该作者 Only view this author
没有任何理由把C-rescale切换成更落后的Parrinello-Rahman压浴

倘若用C-rescale压浴的过程中没问题,就一直用下去。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-17 12:50:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chenmoya 于 2025-6-18 11:49 编辑
sobereva 发表于 2025-6-17 05:47
没有任何理由把C-rescale切换成更落后的Parrinello-Rahman压浴

倘若用C-rescale压浴的过程中没问题,就 ...

谢谢老师的答复,目前已解决了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-18 11:48:29 | 只看该作者 Only view this author
以上问题已解决了,原因是修改力场文件的时候不仔细,导致有个原子的编号弄错了,但是目前有一个疑惑,不知道为什么用C-rescale压浴才可以,Parrinello-Rahman压浴就会报错,提示某些原子的约束警告导致报错,如下:
Step 58225, time 116.45 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000001, max 0.000005 (between atoms 3625 and 3626)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   5514   5513   30.5    0.0969   0.0969      0.0969
提示的原子主要是甲基碳原子和氢原子之间的约束有问题。

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发表于 Post on 2025-6-18 16:16:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 neocc 于 2025-6-18 16:17 编辑

有没有可能是top文件和pbd文件的分子顺序不对应,在能量最小化的时候,即使 分子顺序 是错的也不影响计算。

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发表于 Post on 2025-6-19 05:51:25 | 只看该作者 Only view this author
chenmoya 发表于 2025-6-18 11:48
以上问题已解决了,原因是修改力场文件的时候不仔细,导致有个原子的编号弄错了,但是目前有一个疑惑,不知 ...

压浴原理不同,PR是强耦合压浴。而且对于>=2023版,PR这种二阶压浴和C-rescale这种一阶压浴默认的nstpcoupl也不同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-23 20:57:24 | 只看该作者 Only view this author
neocc 发表于 2025-6-18 16:16
有没有可能是top文件和pbd文件的分子顺序不对应,在能量最小化的时候,即使 分子顺序 是错的也不影响计算。

好的,谢谢回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-23 20:57:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 05:51
压浴原理不同,PR是强耦合压浴。而且对于>=2023版,PR这种二阶压浴和C-rescale这种一阶压浴默认的nstpcou ...

谢谢老师答复

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