gmx_mmpbsa残基能量分解结果过低（-170kcal/mol）是否合理，不合理的话如何解决

Maeterlinck · 发表于 Post on 2025-6-16 18:40:25

蛋白-小分子体系，严格按照gmx培训课程构建体系和参数，经过150ns模拟后RMSD如下图。使用gmx_mmpbsa取最后10ns轨迹计算PBSA，输入文件见附件，残基能量分解出现非常大的负值（主要是electrostatic项，如下图，每行为一个残基，最后一行是配体），想请教下可能的原因。

mmpbsa.in (1.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

jackshoulder · 发表于 Post on 2025-6-17 10:05:26

那只是个别异常值，建议你直接用gmx_MMPBSA_ana做数据分析，程序运行完了，会自动作图，别自己去看这。你得看那个dat文件里边，deltaG total是多少

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[GROMACS] gmx_mmpbsa残基能量分解结果过低（-170kcal/mol）是否合理，不合理的话如何解决