GROMACS:Topology include file "MOL.prm" not found

小老弟

我在按照教程（http://www.mdtutorials.com/gmx/complex/04_ions.html）学习蛋白-配体分子对接，但在运行gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr行时总是报错Fatal error:Topology include file "MOL.prm" not found。我尝试使用Sobtop+amber14sb力场或者CGenFF+charmm36力场都会报错这个，但无论时Sobtop还是最新版的CGenFF都不会生成.prm文件呀，请问该怎么解决呢？

student0618

看topology写include什么。

那教程很老了，作者自己也在gromacs论坛说过有些过时的。用的是他自己的脚本转换topology。

小老弟

student0618 发表于 2025-6-18 14:28
看topology写include什么。

那教程很老了，作者自己也在gromacs论坛说过有些过时的。用的是他自己的脚本 ...

十分感谢您的回答。我是刚刚接触这个方向，请问您所说的看topology写include什么时在哪里看呢？新的教程该去哪里找呢？我找了好多教程或者视频，都是和那个教程差不多

student0618

小老弟 发表于 2025-6-18 15:16
十分感谢您的回答。我是刚刚接触这个方向，请问您所说的看topology写include什么时在哪里看呢？新的教程 ...

根据一楼的command，grompp读的是topol.top。这文件长怎样？

Eianghuan

上传一下你的topol.top文件，看看里面这一部分是怎么写的

小老弟

student0618 发表于 2025-6-18 15:22
根据一楼的command，grompp读的是topol.top。这文件长怎样？

以下是按照教程生成的topol.top文件，里面按照教程添加了 ; Include ligand topology #include "jz4.itp" 和 ; Include ligand parameters #include "jz4.prm"，确实这两个文件在最新版的CGenFF中并不提供，最新版的CGenFF只提供如图所示文件

;
;        File 'topol.top' was generated
;        By user: zhanga (1024)
;        On host: 47
;        At date: Wed Jun 18 11:57:29 2025
;
;        This is a standalone topology file
;
;        Created by:
;                            :-) GROMACS - gmx pdb2gmx, 2025.2 (-:
;        
;        Executable:   /public0/zhangao/biosoft/gromacs-2025.2/bin/gmx
;        Data prefix:  /public0/zhangao/biosoft/gromacs-2025.2
;        Working dir:  /public0/zhangao/Molecular_dynamics/20250530_test/proteins/fina
;        Command line:
;          gmx pdb2gmx -f final.pdb -o protein_processed.gro -ter -ignh
;        Force field was read from the standard GROMACS share directory.
;

; Include forcefield parameters
#include "charmm36.ff/forcefield.itp"

; Include ligand parameters
#include "MOL.prm"

[ moleculetype ]
; Name            nrexcl
Protein_chain_A     3
。。。。。。省略各原子数据。。。。。
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "posre.itp"
#endif

; Include ligand topology
#include "MOL.itp"

; Include water topology
#include "charmm36.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "charmm36.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_chain_A     1
MOL                 1
SOL             22068

小老弟

Eianghuan 发表于 2025-6-18 15:52
上传一下你的topol.top文件，看看里面这一部分是怎么写的

我刚刚尝试了删除添加了那两个语句但还是会报错，ERROR 1 [file topol.top, line 75829]:
  No such moleculetype MOL


There was 1 NOTE

-------------------------------------------------------
Program:     gmx grompp, version 2025.2
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp (line 2737)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

Eianghuan

小老弟 发表于 2025-6-18 15:57
我刚刚尝试了删除添加了那两个语句但还是会报错，ERROR 1 [file topol.top, line 75829]:
  No such mol ...

有两个及以上的溶质分子，要把第二个溶质分子的itp文件进行修改，MOL.itp中的atomtype这一部分全部剪切走，粘贴到蛋白质itp文件的atomtype下面，把重复的原子定义删除，atomtype这个标题也只能留一个，应该能解决这个问题

sobereva

看那个教程完全是绕弯路。
直接用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生GAFF力场结合RESP电荷的配体的拓扑文件，同时结合AMBER力场描述蛋白质，是算蛋白质-配体复合物最好的选择，也是极为主流的做法。

PS：有条件的话，十分推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统性学习一遍，比网上搜罗乱七八糟还净是误人子弟的教程，在学习效果和学习效率上好至少100倍，完全避免类似当前情况这种无意义地踩坑白耽误工夫。

小老弟

Eianghuan 发表于 2025-6-18 17:08
有两个及以上的溶质分子，要把第二个溶质分子的itp文件进行修改，MOL.itp中的atomtype这一部分全部剪切走 ...

谢谢您的解答！

小老弟

sobereva 发表于 2025-6-19 06:06
看那个教程完全是绕弯路。
直接用http://sobereva.com/soft/Sobtop产生GAFF力场结合RESP电荷的配体的拓扑 ...

谢谢老师！