求助gaussian计算聚苯乙烯、聚己二酰己二胺与环丙沙星、砷酸之间的弱相互作用力

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                                                                        Translator                        
                                                                           
                                                                           
                    
                                            
                        
                    
               
老师您好，我想利用gaussian计算一下‌这个：IGMH（Independent Gradient Model based on Hirshfeld partition）基于Hirshfeld原子空间划分的独立梯度模型分析方法，主要用于研究化学系统中的弱相互作用（如氢键、卤键、π-堆积等）‌。具体想计算（1）聚苯乙烯与环丙沙星的弱相互作用力；（2）聚己二酰己二胺与砷（V）酸之间的弱相互作用力。
现在不知道聚苯乙烯、聚己二酰己二胺的聚合度选择多少合适
另外怎么选择泛函与基组来进行计算。
还有模型如何构建比较合适？

恳请老师指导一下。

sobereva

聚合物取的长度，比起小分子的最长轴长度两侧都多出8埃一般就行了

几何优化：B3LYP-D3(BJ)/6-311G**
相互作用能：B3LYP-D3(BJ)或M06-2X，结合6-311+G(2d,p)并考虑counterpoise

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                                                                        Translator                        
                                                                           
                                                                           
                    
                                            
                        
                    
               

sobereva 发表于 2025-6-19 06:59
聚合物取的长度，比起小分子的最长轴长度两侧都多出8埃一般就行了

几何优化：B3LYP-D3(BJ)/6-311G**

                                                                        Translator                        
                                                                           
                                                                           
                    
                                            
                        
                    
               

老师您好，感谢您的指导！我想请问一下哈，环丙沙星分子和聚苯乙烯怎么摆放合适呀？请问图上的这种摆法可以吗？
另外，根据您上面说到的内容，请问关键词行具体怎么写呀？请问写成这样正确吗？
几何优化：“#p opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj ”
结合能计算：“#p b3lyp/6-311+g(2d,p) em=gd3bj counterpoise=2 ” 或者 “#p m062x/6-311+g(2d,p) counterpoise=2”

sobereva

你的帖子里有莫名其妙的Translator字样，意义不明。应当去掉。

你这种聚合物可以存在明显不同构象，以及与小分子明显不同的各种结合方式。最好是用GROMACS跑分子动力学，得到有代表性的结合构型，然后再截出一个簇，计算结合能和分析弱相互作用。光是像当前截图这样比较随意地摆一个结构，没什么实际意义，至少发像样的期刊很困难。

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sobereva 发表于 2025-6-24 05:28
你的帖子里有莫名其妙的Translator字样，意义不明。应当去掉。

你这种聚合物可以存在明显不同构象，以及 ...

好的老师，“Translator”好像是我发帖以后，重新编辑的时候冒出来的。后面我注意一下哈
另外，请问一下哈，关键词行这样编写正确吗？
几何优化：“#p opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj ”
结合能计算：“#p b3lyp/6-311+g(2d,p) em=gd3bj counterpoise=2 ” 或者 “#p m062x/6-311+g(2d,p) counterpoise=2”

sobereva

1814 发表于 2025-6-24 17:01
好的老师，“Translator”好像是我发帖以后，重新编辑的时候冒出来的。后面我注意一下哈:lov ...

对

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sobereva 发表于 2025-6-25 19:53
对

好嘞好嘞，谢谢老师