MD模拟显示底物无法稳定结合在酶上，为什么还要跑酶-底物复合物的长时间MD...

Chenxi

最近在关注文献上对于酶催化的双分子反应的计算模拟，发现在很多情况下，研究人员都会提到酶对其中一种底物的约束较弱，因此额外对其施加距离约束后再进行长时间MD模拟。
如果MD模拟底物总是会飞，是否表明它在酶内并没有可以稳定结合的构象，那么此时约束底物跑长时间动力学是否还具有分析价值。
以及我看文献中通常是基于反应机理选择初始构象（比如谁先参与反应，谁就离反应位点更近），或是基于吸收光谱上的一些特征吸收来选取，想知道这样的选取是否合理。

student0618

猜测是assume docking用的rigid receptor口袋可以refine，于是尝试在fully flexible + explicit solvent环境下看看induced fit。

当然，也不一定有意义的，要看情况。

Chenxi

student0618 发表于 2025-6-18 22:02
猜测是assume docking用的rigid receptor口袋可以refine，于是尝试在fully flexible + explicit solvent环 ...

哦～有可能，虽然这篇文献没有明确写是否为受体刚性对接，但的确，即使底物无法稳定结合在酶上，也可以通过引入约束来模拟一下引入底物对蛋白质构象的影响，让蛋白质充分弛豫。
那么这个长时间MD模拟在什么情况下是没有意义的呢，就我目前关注的酶催化双分子交叉偶联反应来说，这一步做了似乎有益无害。

student0618

Chenxi 发表于 2025-6-19 10:18
哦～有可能，虽然这篇文献没有明确写是否为受体刚性对接，但的确，即使底物无法稳定结合在酶上，也可以通 ...

如果结合不稳定是质子化弄错等原因意义也不大。

另外，如论坛其他帖子所说，这些情况试试其他docking结果的pose，如lower rank的pose，用来跑MD可能有更好的结果。

Chenxi

student0618 发表于 2025-6-19 11:06
如果结合不稳定是质子化弄错等原因意义也不大。

另外，如论坛其他帖子所说，这些情况试试其他docking ...

所以其实还是优先希望可以通过分子对接+不加约束的MD模拟来拿反应的初始构象，但是我的体系目前已经各种尝试过了，应该就是底物本身结合不稳导致的。
谢谢您的解答！