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[Gaussian/gview] 寻找两分子间质子转移的过渡态,始终存在两个虚频,该如何继续改进关键词

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本帖最后由 Yaqi 于 2025-6-20 20:02 编辑

老师好,目前正在研究如图所示两分子之间的质子转移过程,希望找到质子转移的过渡态,进一步进行IRC计算来讨论质子转移过程。


尝试了不同关键词,目前最好的结果是找到了包含过渡态虚频在内的结构,但始终存在另一个整体分子转动的虚频,基于这个过渡态计算IRC时,反应路径没有按照质子转移的理想状态移动,而是键角的旋转

寻找过渡态的关键词如下:

# opt=(calcfc,ts,noeigen,cartesian,maxstep=10,notrust) freq b3lyp/6-311g(d) scrf(smd,SOLVENT=n-Hexadecane) em=gd3bj

计算过渡态时的输入输出文件如下,实验中是混合溶剂,选取了介电常数相近的溶剂模型进行计算的,请老师指点。

APTES-DBSA-TS-11.rar (920.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)






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发表于 Post on 2025-6-19 22:24:27 | 只看该作者 Only view this author
输出文件压缩后再上传。
另外,你的计算没有加溶剂,你确定这个反应是在真空中进行的吗?
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 22:39:52 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2025-6-19 22:24
输出文件压缩后再上传。
另外,你的计算没有加溶剂,你确定这个反应是在真空中进行的吗?

确实,我忽略了溶剂效应,我加上再试,感谢指点啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-20 20:03:18 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2025-6-19 22:24
输出文件压缩后再上传。
另外,你的计算没有加溶剂,你确定这个反应是在真空中进行的吗?

老师好,我重新上传了输入输出邮件,加了隐式溶剂模型。实验中是混合溶剂,选取了介电常数相近的溶剂模型进行计算的,请老师指点。

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发表于 Post on 2025-6-22 07:02:09 | 只看该作者 Only view this author
opt freq过程不建议用SMD
你当前的输出文件明显遇到了震荡难收敛的情况,先按下文解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

必须确保有且只有一个虚频再做IRC,否则毫无意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-22 09:24:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yaqi 于 2025-6-22 09:29 编辑
sobereva 发表于 2025-6-22 07:02
opt freq过程不建议用SMD
你当前的输出文件明显遇到了震荡难收敛的情况,先按下文解决
量子化学计算中帮 ...

收到,谢谢卢老师,我再去调试。
opt freq过程不建议用SMD,是不加溶剂模型,还是换一种溶剂模型,比如PCM?


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发表于 Post on 2025-6-22 09:38:16 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2025-6-22 09:24
收到,谢谢卢老师,我再去调试。
opt freq过程不建议用SMD,是不加溶剂模型,还是换一种溶剂模型,比如P ...

换PCM
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-6-23 05:06:39 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2025-6-22 09:24
收到,谢谢卢老师,我再去调试。
opt freq过程不建议用SMD,是不加溶剂模型,还是换一种溶剂模型,比如P ...

用scrf关键词默认的IEFPCM就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-9 22:05:34 | 只看该作者 Only view this author
老师好,经过一些调试,试图解决振荡的问题,以下是目前的输入输出文件,关键词基本上都测试了,目前还存在振荡的问题,请问还有什么方向可以继续尝试吗? APTES-DBSA-TS-23.rar (883.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-15 18:02:37 | 只看该作者 Only view this author
老师好,以下文件是做了质子从NH2转移到SO3-上柔性扫描的输入输出文件,请问各位老师这样的结果,是否还能找到质子转移的过渡态结构呢? APTES-DBSA-TS-SCAN-1.rar (2.09 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)



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