求助纯聚合物体系Gromacs拉伸动力学pull命令设置

onsager22

纯聚合物体系，正常完成了能量最小化 npt过程，压缩成为了致密体系，想要下一步进行拉伸动力学，使用pull命令，但是发现产生相prod.gro原子没有都在盒子里面，拉伸时需要设定left和right原子，不知道怎么设置
1.关于left和right原子我分别选择了最左边3nm和最右边3nm的所有原子（在VMD中导入gro和xtc在最后一帧里面进行筛选的） 这样是否可以，如果不行应该怎么设置
2.需不需要对prod.gro进行-pbc atom截断使其全部回到盒子里面再进行拉伸模拟
3.对于pull命令里面，这样设置是否可以
;--- Integrator ---
integrator      = md
dt              = 0.002
nsteps          = 1000000
nstxtcout     = 10000  
energygrps = System
;--- Constraints ---
constraints         = h-bonds
constraint_algorithm = lincs
lincs_iter          = 1
lincs_order         = 4
;--- Temperature coupling ---
tcoupl        = v-rescale
tc-grps       = System
tau_t         = 0.1
ref_t         = 300
;--- Pressure coupling ---
pcoupl        = no
;--- Pulling setup for uniaxial stretching ---
pull                    = yes
pull-ngroups            = 2
pull-group1-name        = Group_A
pull-group2-name        = Group_B
pull-ncoords            = 1
pull-coord1-type        = umbrella
pull-coord1-geometry    = distance
pull-coord1-groups      = 0 1
pull-coord1-init        = 0.0
pull-coord1-rate        = 0.001        
pull-coord1-k           = 1000         
pull-coord1-dim         = Y N N

sobereva

这种目的在mdp里设deform让盒子逐渐缩小就完了，不是用pull的场合