请问GMX后处理命令能调用多个CPU参与处理吗？

pkuchemistry · 发表于 Post on 2025-6-20 08:46:24

本帖最后由 pkuchemistry 于 2025-6-20 08:54 编辑

RT, 在跑MD的时候设置gmx_mpi.... -ntomp m -gpu_id n，是可以指定多少CPU和哪个GPU参与的；但是后处理轨迹的时候，无论是gmx rms还是trjconv，好像就失灵了，要么说-ntomp命令不对，又设置了-nt, mpi -np,都不行，帧数一多很慢，后来看到只有一个CPU处理。请教各位大佬，如何调用多CPU后处理呢？谢谢！

补充一下，设置环境变量也不行export OMP_NUM_THREADS=8

liuyuje714 · 发表于 Post on 2025-6-20 11:25:44

本帖最后由 liuyuje714 于 2025-6-20 11:29 编辑

gmx自带的分析程序99%都不支持并行，除了极个别比如gmx hbond可以。
有很多变通方法，比如trjconv减小轨迹帧数以后再分析，又或者自己用MDAnalysis这类python库写并行分析脚本。

pkuchemistry · 发表于 Post on 2025-6-20 14:07:11

liuyuje714 发表于 2025-6-20 11:25
gmx自带的分析程序99%都不支持并行，除了极个别比如gmx hbond可以。
有很多变通方法，比如trjconv减小轨迹 ...

好吧，谢谢。这是GMX下一代改进的目标之一啊！

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