计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 179|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教,TiC周期性体系npt正常,md模拟后盒子散架

[复制链接 Copy URL]

20

帖子

0

威望

213

eV
积分
233

Level 3 能力者

本帖最后由 Eianghuan 于 2025-6-21 12:35 编辑

请教各位老师,我在对含有壳聚糖,水分子和TiC片层的盒子进行模拟的时候发现,轨迹中盒子散架,如下图:
所使用的mdp文件为附件md_PBC.mdp
在进行NVT和NPT时,盒子中的轨迹都是正常的,如图。npt的mdp文件也在附件
请教各位老师md.mdp文件应该如何修改,我可以用npt.mdp文件做200ns的模拟来作为正式模拟的结果吗?

202506211228192994..png (375.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

npt轨迹的随意一帧

npt轨迹的随意一帧

202506211225107212..png (19.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

md模拟后盒子散架

md模拟后盒子散架

md_PBC.mdp

730 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

md_NPT_Sob_9.mdp

747 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-6-22 08:16:56 | 只看该作者 Only view this author
NVT/NPT和md完全不是并列的关系,本来NVT、NPT就是MD用的不同的系综。提问时不要用奇怪、令人费解的描述。注意看下文“不要迷惑性地描述分子动力学研究过程”部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

既然之前的动力学都能正常跑,把mdp设置每改一次跑一次,反复测试自然能找到原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

213

eV
积分
233

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-22 20:44:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-22 08:16
NVT/NPT和md完全不是并列的关系,本来NVT、NPT就是MD用的不同的系综。提问时不要用奇怪、令人费解的描述。 ...

收到,谢谢sobereva老师指正,我去学习一下帖子

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 05:49 , Processed in 0.167578 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list