求助gromacs模拟聚合物是否也要进行电荷缩放

huangzi · 发表于 Post on 2025-6-22 19:17:50

在运用gromacs计算固态聚合物电解质模拟时，之前看的文献是对li盐进行电荷缩放，没有对聚合物电荷缩放的，最近看了一篇文献发现聚合物也要进行电荷缩放，想问一下大佬们聚合物部分是否也要进行缩放

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-23 05:19:32

这不是普遍做法。并且是否用缩放、缩放多少，本来就严重取决于用什么原子电荷，以及基于量子化学计算的原子电荷在什么级别下得到
先尝试使用比如GAFF/GAFF2+RESP电荷这样的标准的组合模拟，倘若发现有不理想之处，再考虑电荷缩放来改变静电相互作用强度。

Chenxi · 发表于 Post on 2025-6-26 14:49:05

你好，可以分享一下你看到的使用电荷缩放策略的文献吗，俺的体系基于GAFF2+RESP电荷进行缩放后的模拟明显较之前表现更佳，想再多了解一下具体实施，规范一下操作。

proszx · 发表于 Post on 2025-6-27 20:32:54

charge scaling本身就是一个极其粗糙的近似，类似的还有很多别的scaling方案例，很多人吹这么处理有一些合理性（例如电荷转移和极化），但本质都是算不准想改改数提高跟实验的符合程度，具体的处理并没有严格的数学基础

Chenxi · 发表于 Post on 2025-6-28 11:04:01

proszx 发表于 2025-6-27 20:32
charge scaling本身就是一个极其粗糙的近似，类似的还有很多别的scaling方案例，很多人吹这么处理有一些合 ...

哈哈哈虽然粗糙，理论上可能站不住脚，但是真的很管用唉。俺导儿现在就想让我做个AIMD做基准，证明缩放后对溶剂化结构的描述会比不缩放更好

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