Residue 'CU' not found in residue topology database

wyx1208 · 发表于 Post on 2025-6-24 09:43:58

本帖最后由 wyx1208 于 2025-6-24 09:45 编辑

大佬们好，我在用gromacs的pdb2gmx处理蛋白时出现以下报错：Residue 'CU' not found in residue topology database，使用的是AMBER14SB_parmbsc1力场，但是我去力场文件夹下是能够找到“CU”的原子信息的，具体如下图：
请问有大佬遇见过这种情况吗，是如何解决的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-26 05:50:14

rtp文件里没有定义残基名叫CU的残基，所以pdb2gmx没法处理带Cu的pdb文件。搞清楚pdb2gmx的运作机制
要么自己改写rtp文件增加其定义，要么pdb文件里去掉CU。

wyx1208 · 发表于 Post on 2025-6-26 13:58:55

sobereva 发表于 2025-6-26 05:50
rtp文件里没有定义残基名叫CU的残基，所以pdb2gmx没法处理带Cu的pdb文件。搞清楚pdb2gmx的运作机制
要么自 ...

好的好的，谢谢老师

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[GROMACS] Residue 'CU' not found in residue topology database

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