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[GROMACS] gmx如何在拉伸模拟中增加约束,防止在水盒子里翻转跳出了水盒子

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本帖最后由 konosuba 于 2025-6-25 19:03 编辑

请教各位大佬,在用gmx做胶原肽的拉伸模拟,参考的论文用的是NAMD,原论文使用两个约束,一个是在长度方向上的拉伸约束,另一个是固定胶原肽整体不产生翻滚自由旋转的角度约束。第一个约束gmx可以解决,但是第二个约束的操作比较复杂似乎没办法直接从NAMD迁移到gmx上,请问大家有遇到过类似的需求吗?是怎么解决的呢?大致是个长杆状的胶原肽,但是局部存在自然热波动,类似绳子那样的弹簧。

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发表于 Post on 2025-6-26 02:42:45 | 只看该作者 Only view this author
[ angle_restraints_z ]可以用来限制一对原子与z轴的夹角,另外还有[ orientation_restraints ],看看是否适合当前情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-26 09:58:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-26 02:42
[ angle_restraints_z ]可以用来限制一对原子与z轴的夹角,另外还有[ orientation_restraints ],看看是否 ...

好的老师,这两个方法我都试试。根据我目前的理解来看,针对第一个方法,整个胶原肽不太能形成直杆,约束在某一个笛卡尔坐标系里可能约束太强,第二个的我再了解下。还有一个问题,请问怎么判断约束对计算模拟的影响合不合理?C:\Users\26384\Downloads\image.png

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发表于 Post on 2025-6-27 07:09:41 | 只看该作者 Only view this author
konosuba 发表于 2025-6-26 09:58
好的老师,这两个方法我都试试。根据我目前的理解来看,针对第一个方法,整个胶原肽不太能形成直杆,约束 ...

合不合理没有唯一判据
有的约束可能明显施加了人为虚假因素,因此得到了常规模拟无法直接得到的结果,但如果目的就是为了获得特定条件下的结果、有明确的研究目的而施加约束,那也可以说是合理的。只要能给别人解释得通加约束的缘由就行。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-27 11:36:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-27 07:09
合不合理没有唯一判据
有的约束可能明显施加了人为虚假因素,因此得到了常规模拟无法直接得到的结果,但 ...

好的,谢谢老师

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