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老师们好,我根据基于如图所示的文献内容,进行了120K时,0.6MPa-5MPa的二氧化碳过冷结晶模拟,使用EMP2模型,文献中是通过LAMMPS模拟的。文献中是先建立一个220K时的液态二氧化碳体系,因此我建模的盒子尺寸基于目标温度压力对应的密度设置为6.3nm,通过gmx insert-molecules填充了4000个分子,在能量最小化之后通过1ns的NPT进行预平衡,热浴使用了V-rescale方法,压浴使用Berendsen方法。预平衡结束后,通过NPT使体系温度维持在120K,模拟8ns,热浴使用了V-rescale方法,压浴使用Parrinello-Rahman方法,没有出现结晶现象,后面尝试延长模拟时间和使用退火方法,都失败了。想问一下老师们是选择的力场模型不合适还是模拟参数有问题呢?NPT的mdp文件如下所示,同时也上传了NPT的mdp文件。
define =
integrator = md
dt = 0.001 ; ps
nsteps = 8000000; 8ns
comm-grps = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.3
vdwtype = cut-off
rvdw = 1.3
DispCorr = EnerPres
;
Tcoupl = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 120
;
Pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.5
ref_p = 6
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps =
freezedim =
constraints = hbonds
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