聚合物的top文件生成问题

一生予安 · 发表于 Post on 2025-6-26 18:01:23

各位老师好，我用MS构建了一个PET的pdb文件，之后使用sob软件进行top文件的生成，发现始终报错为Residue ‘C10’ not found in residue topology database，因为整个残基名都是C10，请问老师们如何解决啊？

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-26 18:32:47

那叫sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）不叫什么“sob软件”

“Residue ‘C10’ not found in residue topology database”这种提示仅当你用pdb2gmx时才会出现，跟sobtop毫无关系

搞清楚rtp文件是什么再去用pdb2gmx，别随便当黑箱用。被处理的pdb文件里不能出现rtp文件里没定义的残基。推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）先好好系统性学一学，参考其中的幻灯片：

一生予安 · 发表于 Post on 2025-6-26 20:53:19

感谢老师的回答

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[GROMACS] 聚合物的top文件生成问题

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