在设计配体的过程中，系统筛选稳定配体的方法求助

e-Lis

背景：之前的工作确定了5类官能团最适合与中心金属结合的（磷酸类），接下来的工作调研了一系列磷酸及其衍生物（如磷酰肼，磷酸酶，磷酸亚砜等等），主要筛选的是可稳定存在生物体内，没有毒副作用的含磷酸官能团。然后将官能团与链状配体结合（类似手串串珠子，使用苯环类或-CH2结合），设计出新的与金属结合更稳定的配体。

困难：即便按照上述方法筛选过后，可被选择的含磷酸官能团仍然很多，并且，结合过程中，究竟使用多少个-CH2结合是合适的？（考虑到空间排斥、电负性、能量等）可被考虑的构型上万，实在太多。


求助讨论：1. 我想请教一下大家，是否有一些软件或程序，能够筛选稳定的新配体。 例如PO3+链状配体，在使用苯环类或-CH2结合，并与金属配位过程中，有非常多异构体和非常多的构型（因为-CH2数量不同）。我将如何能在众多构型里粗略得到有效构型，并且在有效构型里筛选出能量低的同分异构体。粗略得到即可。

思考：有考虑过将各种磷酸及其衍生物一同构建盒子，然后跑MD看竞争关系，但觉得这类计算很看初始构象的考虑和构型合理性。所以想向大家求助、讨论，看看有没有什么好方法。

sobereva

先让含磷基团连上个最短的链（甲基）并优化配合物，让配位键该出现的都出现，然后把甲基替换成各种烃链，做分子力场的几何优化然后动力学进行构象空间采样，然后利用molclus搜索能量最低构象，参考下文
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html