公社群聊Q&A整理：2016.12.13 19 ~ 2016.12.16 06 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-29 01:12:27

本帖由 @978142355 整理

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2016.12.13 18:11:35
Q:
各位前辈，我使用multiwfn结合vmd绘制电子密度差图，我在vmd中色彩刻度等值线最好设置为多少？谢谢。
我不知道为什么只能导入分子不能导入等值面
老师，我在multiwfn中保存了.cub文件，之后我在vmd中将这个文件拖入或在file中选择new molecule 之后选择该.cub文件，但不知道为什么不能显示等值面。谢谢老师。
老师，请问对一系列复合物某一等值面的电子密度差等值面图分析，能比较出相互作用大小吗？我看的等值面图有些懵
A:
如果你要用multiwfn+VMD显示密度差等值面图，根本没有色彩刻度、等值线的概念
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2016.12.13 18:18:54
Q:
请问有人计算过一个分子LUMO的波函数或波函数平方的分布吗？这个计算是来看什么的那
(整理Q&A) 不好意思上午的问题刚看到，我的体系是2-戊烯分子吸附在催化剂上，催化剂上的一个H吸附在烯烃的双键碳原子上（可能是C2，也可能是C3）,然后没有被吸附H的那个原子再吸附到O上面。这个波函数分布怎样看H原子更容易吸附到哪个C上，并且看催化剂上H的取向。。我是这样的一个目的
A:
即LUMO的密度分布
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2016.12.13 18:59:15
Q:
请教各位，叔丁基中甲基的振动虚频（-17，分子中最强振动频率3620）如果实在消不掉是不是可以忽略掉？
那我还是继续调 [图片]
哎呀错了
[图片]
OA:
其实是三个甲基
Q:
不是的
nonono
我做催化的
我用的dmol3
不太明白这个关键词的意义 @LiYuanhe
嗯嗯还是谢谢你
OA:
这个是做的吸附所以就算了整体的频率还没到反应步
Q:
如果虚频偏大那就还得继续调整但是我这几天调的结构这一种振动模式的虚频减小了又会出现单个甲基的
我看大都说要是10以内才可以忽略的不知道怎么衡量
Q:
树老师感觉我的Dmol3最近要造反
你的spin一般怎么设置？
OA:
dmol对于电荷为0的体系Multiplicity选择auto效果还不错@墨家弟子
我都先算电荷为0 然后根据电荷为0的spin推测带电体系Spin 然后用固定的Multiplicity
手册太糙售后太耿只能自己琢磨了
Q:
估计不会看到的
OA:
嗯确实快很多但是不出问题天下太平出了问题根本没法下手
Q:
嗯嗯好的
其他几个构型还好啊
可能我这个体系不算太大
其他位置都做出来了
OA:
这个位置对O-O的活化作用挺大的
这个最低
其他位置基本不成键相互作用都比较弱 0.5eV+
[表情]
Q:
谢各位
Q:
Number of displacements per atom is: 2
Step size for finite differences is: 0.010000 Bohrs
forrtl: severe (71): integer divide by zero
Image PC Routine Line Source
dmol3.exe 0000000001518199 Unknown Unknown Unknown
昨天软件报这个错还没找到解决方案
或者太大？
因为我的opt都用medium精度的
OA:
这个是做freq报错了
Q:
我用小分子做测试没有问题
[表情]
我第一次碰到
那您怎么解决的
[图片]
但是opt都正常结束了
看来我也得重新建
A:
像这种高斯算得很好的体系我不推荐用dmol3，用高斯省心多了
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2016.12.13 19:15:37
Q:
老师，请问一下，我想对吸附做bsse校正，输入文件这样写对吗
# b3lyp/6-31g* Counterpoise=2 geom=connectivity gfinput
直接写# b3lyp/6-31g* bsse吗
A:
# M062X/6-311+G** Counterpoise=2这才靠谱
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2016.12.13 21:12:56
Q:
[图片]
优化结构
出现这种结果一直不收敛有什么好办法么
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.12.13 22:52:36
Q:
[图片]这是什么？怎么完全没见过，有什么具体意义么 @Sobereva
[图片]同一个反应，两个过渡态，左边opt(calcfc)得到，右面opt(calcall)得到。用同样的IRC命令#p b3lyp/6-31g(d,p) irc=(calcfc,maxpoints=60,LQA) int=ultrafine得到两个结果。老师们帮着分析一下哪个更可靠？ @浊流
A:
明显左边IRC是错误的，calcall才使得你真正定位到了精确TS，跑出了正确IRC
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2016.12.13 23:36:00
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：从空轨道轨道图分析可以得到什么信息？DFT算的空轨道是没有用的吗？
A:
有各种用处，比如指认电子激发特征、预测亲核反应位点等等
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2016.12.13 23:37:32
Q:
大家好，我有一个小肽分子，然后我想让分子一段的羧基去质子化，而另一端的氨基质子化，但是经过高斯优化后结构又重新回到了羧基和氨基的状态。请问有什么办法可以达到我想要的那种效果啊？谢谢！！
A:
用隐式溶剂模型表现水环境即可达到目的
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2016.12.13 23:54:48
Q:
各位前辈，我想请教一下sander能不能跨节点啊
A:
能跨节点
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2016.12.14 00:18:37
Q:
Sob老师请问tpsstpss这个基组如何使用?
A:
这是泛函不是基组。高斯里直接写 TPSSTPSS/基组即可
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2016.12.14 01:10:22
Q:
[图片]
[图片]
怎么这个玩意吸收峰这么宽？
[图片]
只有这个东西
在more 里面
A:
调节smearing width
Q:
的确截断宽度不同光谱有区别
不知道此数值选择可有什么规定
A:
没什么规定，一般用默认，如果要和实验谱对比就调到能和实验谱峰形尽可能吻合的情况
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2016.12.14 01:26:34
Q:
传说中dmol3是否真的比gaussian快？
A:
不一定
对于纯泛函比高斯快
Q:
言下之意，对于杂化泛函反而不如gaussian
A:
其实高斯要是在密度拟合上稍微多下点功夫就能在速度上爆dmol3，应该多向ORCA学习
恩
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2016.12.14 01:27:56
Q:
谢谢老师！我那么做的目的是想通过量化得到其amber立场参数，请问这种在隐形溶剂和在气相中的结果对跑分子动力学会有影响吗？麻烦老师了。
A:
如果你是打算用于溶剂下模拟，那量化计算时候就要用隐式溶剂模型
Q:
哦，明白了，真是谢谢老师了！
A:
不考虑溶剂环境，质子100%转移回去，毕竟是很高能的状态
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2016.12.14 01:30:21
Q:
老师，请问你办的Gromacs培训班还能增加名额吗，我昨天有事没报上，今天发现已经晚了。
A:
增加不了了
争取下学期加开一次
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2016.12.14 01:36:18
Q:
大博士，这个可以Gromacs通过动力学做出来吗？
在群共享里
A:
看具体用什么力场
如果是AIMD，那gromacs不行。如果是用的是gromacs支持的势函数形式，那么可以做
Q:
AIMD用的是CPMD吧
文章里面没说，我不知道这个可不可以
A:
这种团簇的AIMD用高斯就可以跑，跑得很好
dmol3、CPMD、VASP等等也都可以
Q:
[表情]
原来如此
A:
目前所有主流量化程序大多都已支持AIMD，毕竟BOMD那种形式太easy了
Q:
[表情]以后学学
A:
量化高级班时候会讲AIMD
Q:
[表情]现阶段学分子动力学，下个阶段坐等高级班
A:
大概后年
Q:
[图片]大博士没有AIMD，只有BOMD
A:
BOMD、CPMD、ADMP都是AIMD的具体实现形式，BOMD最简单
Q:
[图片]
大博士，一般来说，用BDMD就可以了是吗？
A:
y
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2016.12.14 01:59:36
Q:
[图片]
跑orca 20多个原子用pwpb95总出现如下错误，是怎么回事呢？我跑了2个水分子没问题。
i7-4790k, 共32GB内存。
A:
maxcore设大
Q:
是cpu跑的， Pal4
是在输入文件设置吧，我试试。
直接设成 %MaxCore 30000 (30GB)可否？
A:
不行
maxcore*pal数必须明显小于实际空余内存
4核32GB，%maxcore 6000差不多
opt里写cartesian，或者接着最后的结构用同样的关键词继续跑
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2016.12.14 02:11:48
Q:
请问一下，为什么写genecp不能写pseudo=read，我算的结构都加了这个关键词
A:
看第19条
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
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2016.12.14 02:12:21
Q:
老师，我做静电势图，有个体系选不了Total Orbital这个选项，我又重新优化了这个体系，还是不行，不知道什么原因，谢谢老师@Sobereva
A:
根本就没有“Total Orbital选项”
Q:
发错了[表情]Total dencity
A:
用multiwfn绘制，如果也不行，说明是gview的bug
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2016.12.14 02:12:30
Q:
Sob老师，是不是iop(5/13=1)语句会导致错误的结果，能否使用
A:
绝对不要用
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
不一定导致错误，但如果自己不懂怎么检查收敛情况，早晚会被iop(5/13=1)坑死
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2016.12.14 02:34:17
Q:
请问老师，高斯中用def2-TZVPP应该怎么输入啊，出现如下错误[图片]
A:
去掉横杠直接写
Q:
[图片]去掉了之后还是错的
A:
版本太老，不是B.01及之后
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2016.12.14 02:39:57
Q:
A:
轨道相互作用分析pi-pi又来了
[图片]
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2016.12.14 02:40:48
Q:
请问，如果点电荷的坐标如果是以Bohr为单位，关键词是写Charge=Bohr吗
A:
units=AU
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2016.12.14 02:44:48
Q:
谢谢老师。那意思是很难利用电子密度差一系列物质的等值面图来判断相互作用的大小？
A:
这只是用来解释相互作用的特征的，不是判断大小的
Q:
意思是用来说明比如相互作用发生时那部分向那部分电子转移，哪一部分电子密度增加这类问题吗？
而不是说明相互作用强弱。
A:
y
----------------------------------------------------
2016.12.14 02:52:14
Q:
轨道相互作用和pai-pai有很大关系吗
A:
只是副产物
Q:
主要还是色散作用吧
A:
y
HF计算pi-pi堆积完全失败，MP2则能定性合理描述，正表现出本质根本不是轨道作用
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2016.12.14 02:58:06
Q:
sob老师去写个comment
这个通讯作者是香港的吧
好像找他审过稿
A:
comment破坏和气
Q:
我模糊记得sob老师写过描述pi-pi和轨道相互作用的博文，谁知道是哪一篇啊
A:
没写过
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2016.12.14 02:59:15
Q:
Sob老师，我想问下，看到了UCCSD(T)-F12/VTZ-F12计算一个小分子之间构象转换的势垒，关于这个计算方法，不太明白，之前从来没见过，我在高斯中输入这个，显示[图片]难道这不是在高斯中计算的?
A:
高斯不支持，要用F12用molpro之类，文中应该已经写明了用的什么程序
高斯里用CCSD(T)/cc-pVTZ级别计算已经足够了
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2016.12.14 03:42:40
Q:
老师我有一个体系，其中含有Ｓｃ　Ｙ　Ｌａ　Ｖ　Ｎｂ　Ｔａ　Ｓｉ，体系大小３４个原子，计算其第一超极化率什么样的基组合适，泛函用的是ＣＡＭ－Ｂ３ＬＹＰ，谢谢
老师　这个基Ｄｅｆ２ＴＺＶＰＤ一样的吗
老师　你说的这个基组在ｇａｕｓｓｉａｎ里面是内置的吗
A:
aug-cc-pVTZ，aug-cc-pVTZ-PP。La只能用SDD，但需要自行增加弥散函数，见此文的even-tempered做法
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340
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2016.12.14 04:17:11
Q:
请问今年寒假有没有培训班啊，可以开发票吗？
A:
@ ~踩着青春奔跑~ 科音的所有培训都能开发票
寒假的动力学班已经满了
明年上半年还有许多其它的班，关注www.keinsci.com上的预告
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2016.12.14 04:25:17
Q:
老师，我前期用gaussian算的，然后把坐标拷出来，用SIESTA跑动力学，再把SIESTA能量随时间的曲线变化放到文章里，这样可以吗@Sobereva
[图片]这是图
分子动力学这种结果，可以认为稳定吗
我是在管里放的分子，跑动力学时，管和分子结构几乎没变，就是分子在管里的位置有些变化
A:
可
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2016.12.14 04:36:31
Q:
各位老师好，我在用g09自带的NBO3.1的时候出现了这样的报错信息，请问应该怎么解决[图片]？
先谢谢您，[表情]能提示下贴子题目么？
A:
用更新版本的NBO程序
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2016.12.14 04:47:19
Q:
[图片]老师做这个电子密度差图所用的结构是只计算单点能的，对吗？
就是整体的结构优化后，分为几个片段，而每个片段只计算单点能。是这样吗？
A:
泛函不行，基组可以
是
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2016.12.14 04:53:32
Q:
老师:您好！请问用aug-cc-pvtz-pp算ππ堆积，可以吗？
方法是pbe1pbe
请问老师您推荐的泛函是？我提系含有Cu.As这两种元素
用于研究ππ堆积
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
B3LYP-D3通常妥妥的
Q:
老师您是建议我用b3lyp-D3，是吗？谢谢……
A:
y
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2016.12.14 04:57:59
Q:
老师，我在跑分子动力学做稳定性时，体系是由2部分组成，管通过弱相互作用来内嵌分子，动力学过程中，整个结构几乎没有变，就是管内分子的位置变化了，可以认为其稳定吗
嗯嗯，谢谢老师
A:
你看具体怎么变化，如果分子有整体运动的趋势，那不算稳定
如果一直都只是在原地附近乱晃，算稳定
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2016.12.14 05:03:00
Q:
请问如何观察键长随着时间变化的曲线
A:
@ CYY 直接用VMD就完了，按数字键2标记两个原子，然后到display-labels-bonds-Graph里可以看到随时间的变化
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2016.12.14 05:05:09
Q:
请问老师，计算一个团簇结构（opt、freq）输出结果是C2v，用GView查看当前结构是C4v，我将该结构在C4v下保存gjf算sp，结果还是输出C2v（查看文献上是C4v），请问老师如何能得出C4v结果
A:
如果gview对称化且判断出了C4v，但是计算一开始只认出了C2v，用symm=loose。
如果一开始是C4v后来变成了C2v，若用了弥散函数就去掉，如果弥散函数本来就没用就加上int=ultrafine再试。若还是降到了C2v但是肉眼看着就是C4v，gview用默认标准也能直接判断成C4v就当成C4v
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2016.12.14 05:05:09
Q:
好的谢谢老师的解答，再问一个问题我想在windows下计算团簇保存成wfn计算spin density关键词如何写
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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2016.12.14 05:17:03
Q:
sob老师
几千开高温下或者高温下，用过渡态理论搜索反应路径是不是会不准呢，额，有木有相关的参考文献呀[表情]
谢谢老师
A:
“过渡态理论搜索反应路径”没这么说的
过渡态理论是算k的，找过渡态的任务和过渡态理论是两码事
温度越高实际轨迹偏离IRC越显著。温度很高时有的分子甚至都解离了
最直接的就是做AIMD考察不同温度的稳定性
静态地研究就是找异构化或者分解反应的过渡态，从势垒上考虑
----------------------------------------------------
2016.12.14 05:17:03
Q:
请问sob，进行TDDFT计算，二面角相差0.001度，结果出了ECD，这个结果是正确的吗？
本来是对称没有ECD的
A:
既然算出来了ECD就说明有手性
----------------------------------------------------
2016.12.14 05:31:30
Q:
嗯，好的，谢谢老师，如果是结构优化，lol分析，adndp分析，nics分析，我所使用的泛函pbe1pbe相比于b3lyp,老师觉的哪个更好呢？基组是aug-cc-pvtz-pp
A:
半斤八两
Q:
元素有Cu.As.且带电荷
这么说，老师有更好的泛函推荐，请问是？
A:
B3LYP-D3
----------------------------------------------------
2016.12.14 05:31:32
Q:
老师，计算双自由单重态时加了guess=mix和nosymm还是得到和限制性一样的结果，请问应该怎么办
A:
记得必须写U
写了U还这样就用stable=opt试图自动去产生对称破缺状态，如果直接提示当前波函数是稳定的，说明当前闭壳层就是稳定波函数
----------------------------------------------------
2016.12.14 05:33:31
Q:
计算paipai二聚体的Lomo 轨道出现了单体间轨道重叠，而homo 轨道还是单体的homo轨道没出现重叠，请问sob 老师二聚体这样特殊的轨道结构说明了什么？我看有文献说这一现象能二聚体是是由色散主导的，sob 老师
你把sob老师那篇讲DFT -D 看完，会有很大收获的
A:
什么也说明不了
和色散也没直接关系
本身空轨道的物理意义就不明确
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2016.12.14 06:09:19
Q:
sob老师，您好，想问一下对吸附进行bsse校正的输入文件的关键词怎么写，看那个大体系的弱相互作用博文没有看懂
A:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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2016.12.14 07:40:51
Q:
老师，有个问题想请教一下，在一个化学吸附过程中形成了B-O键和C-O键，我可以使用AIM电子密度拓扑分析来比较这两种相互作用的大小吗（通过比较键临界点处的电子密度）？
A:
没法直接横向比较强度
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2016.12.14 07:46:07
Q:
G03和G09算出来的.chk文件用G05view打不开啊？
G05是什么鬼
高斯05view软件
A:
匪夷所思
你问开发者，开发者都不知道你说的是什么
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2016.12.14 07:55:22
Q:
请问老师我想计算opls力场下的 resp静电荷该选用什么方法呢 dft准不准？
A:
OPLS本身用的不是RESP电荷，可以从类似体系中借电荷来用
RESP电荷最早原文还是在HF下弄的呢
Q:
那用什么静电荷准呢
A:
原理上，所有能较好重现分子静电势的原子电荷都适合用于分子动力学，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
但是有些力场有自己的弄电荷的套路，用RESP电荷未必能完全兼容
诸如OPLS-AA的原子电荷是根据模拟结果和实验结果对比调出来的
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2016.12.14 08:15:38
Q:
社长，请教一个问题，态平均计算激发态，要不要包含基态的的权重呢... 搞了个镧系的CASPT2计算，基态和激发态的能量差太小了..0.3 eV都不到..
A:
包含
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2016.12.14 17:57:30
Q:
# opt=ts m06/genecp
忘记了，写了的[表情]
真是不好意思
(整理Q&A) 我再问一下下，不加noeigentest差别大吗？
好的，好纠结，文献方法，文献坐标居然跑出来不收敛
A:
字号不要超过12
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2016.12.14 18:52:17
Q:
请问老师50多个原子用MP2/aug-cc-pvtz 算单点能算起来吗？
请问量子化学中有什么方法可以说明有某种酸或某物质供氢能力的强弱呢？
提供H+的能力，没有过度金属，因为有氢键作用所以加弥散
那老师有没有好的方法说明供H+能力强呢，利用量子化学计算
A:
能算起来，但最好用ORCA否则用高斯极慢。
如今没特殊情况绝对不要用MP2
----------------------------------------------------
2016.12.14 22:43:58
Q:
[图片]
请教一下，这是用Multiwfn做的NTO图像，S0-S1跃迁，请问这是n-pi*跃迁么
http://sobereva.com/91
[图片]
A:
是
----------------------------------------------------
2016.12.15 00:56:06
Q:
老师　在服务器里面计算如何得到ｗｆｎ文件，谢谢
A:
out=wfn，末尾空一行写.wfn文件输出路径，诸如/home/sob/ltwd.wfn
----------------------------------------------------
2016.12.15 00:56:37
Q:
各位老师好。请问现在发送的截图中有虚频，这个虚频范围在多少内认为可取？对该具有虚频的结构，通过opt＝tight, int＝ultrafine后可以消除虚频。但是其他的需要与其比较的几个结构都没用opt＝tight, int＝ultrafine命令就得到了均为实频。怎么处理为好？
[图片]
以上的意思就是对某种氨基酸的阴离子形式通过M062X/6-311g(d,p)进行优化后freq，对碳链较短的结果是都是实频，无虚频；对碳链较长的有了虚频（方法和基组级别都是一样的条件下）。
A:
没什么可不可取，是虚频就给它搞掉。用不用opt＝tight, int＝ultrafine得到的频率有近似可比性，对其它的不是非得重算，如果非要求严格对其它也用这个再算频率
----------------------------------------------------
2016.12.15 01:21:33
Q:
对于有机体系，据说PBE0比其他泛函更稳健
而且阴离子不加弥散也不好
[图片]
A:
有机体系PBE0不错，但没有比其它都更稳健的说法。单说论优化结构，经测试PBE0准确度最高，其它地方没有额外好处
at错了，不是liyuanhe是米豆豆
----------------------------------------------------
2016.12.15 01:35:54
Q:
[图片]老师，还是这个问题，昨天的正常结束了，但是今天这个报错了
因为我打开淘宝网时，确实出现了一个界面，让我选择是不是阻断这个文件运行，只是我还没点，就报错了
陈老师，是输出文件还是报错的那个小窗口？
陈老师，这是输出文件后面的内容
[图片]
真没有error提示
A:
如果机子还在算，继续等，等得不耐烦就简化体系或者降低计算级别
如果已经停了，重算
Q:
是报错了，卢老师
重算的话，我可以在这个输出文件的基础上算吗？
这个已经优化完了，在做振动分析
A:
输出文件载入gview，保存成新输入文件，做振动分析
所以对于耗时的任务，我很不建议opt和freq放在一起执行
----------------------------------------------------
2016.12.15 01:45:15
Q:
! opt freq RIJCOSX B3LYP def2-SVP def2-SVP/J ECP{def2-SD,def2-SD/J}
请问orca里，上面关键词是这样用的么？重元素想用斯图加特赝势，其他轻元素用def2-svp
A:
大体系用def2-SVP优化没问题
----------------------------------------------------
2016.12.15 01:47:02
Q:
哪个大侠传我一个IRCsplit的工具，我这里显示为病毒，下载不了
A:
sobereva.com上下载的是绝对没病毒的，那个山寨安全程序报病毒就给它卸了
----------------------------------------------------
2016.12.15 01:47:02
Q:
molpro能不能输出波函数给MultiWFN分析？
A:
用产生的.molden给multiwfn分析
Q:
请问产生.molden的关键词是什么？
A:
手册第四章开头就说了
[图片]
Q:
那molpro用CCSD（t)计算的产生的波函数是HF的波函数还是CCSD(t)的波函数呢？
A:
肯定不可能是CCSD(T)波函数，只有有解析梯度的方法才有可能产生相应级别的波函数
具体我忘了，可能至多产生CCSD级别的，把自然轨道写入.molden
没特殊情况时，用DFT波函数就足够好了
----------------------------------------------------
2016.12.15 01:58:25
Q:
[图片]
这个书很好，量化编程的书几乎没有
[表情]
Sob写的话的确是雪中送炭
[表情]
不知道科音可有vasp 的使用权
A:
无
以后若真有必要再买license
Q:
也是
Vasp 感觉比castep 用的多
涉及到第一性的，听到的都是vasp
A:
科音没任何打算做MS培训
虽然MS有它的明显优势，做得确实不错，但我不怎么待见圈钱的程序（ADF也在内），从内心鄙视之
----------------------------------------------------
2016.12.15 02:01:30
Q:
老师50个原子那降为用M062X/may-cc-pvtz 算单点能行吗？这样是不是能比M062X/6-311++G**更精确一些
A:
可以，是
但我更推荐用ma-TZVP
----------------------------------------------------
2016.12.15 02:10:37
Q:
好的，知道了，谢谢。我们在Gview中打开vibration，用manual displacement调后opt freq，还是虚频，我们再调调试试。
A:
不是对称性导致的就不要按照虚频模式来调节试图解决！
仔细看此文
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
不管什么情况，都按虚频模式调节试图消虚频，是菜鸟做法
----------------------------------------------------
2016.12.15 02:13:15
Q:
老师，我想把一个团簇和一个有机分子用一个简单的分子链连接在一起，该如何操作？
A:
gview里画呗
Q:
我画好发现原子重叠了，不好调节了
A:
重叠就重叠，平移开就完了
----------------------------------------------------
2016.12.15 02:18:21
Q:
谢谢。但是我们主要是现在不想用tight和ultrafine这个命令，因为用了这个命令，其他结构也得重新用tight,ultrafine计算。如果我们用第二种方法opt＝calcall时能够得到均为实频，这样其他一系列结构能否不用重新用opt＝calcall命令计算了？
A:
不是说了，比较频率的时候没必要都得用tight和ultrafine
单点能的时候才必须int=ultrafine要用都用
----------------------------------------------------
2016.12.15 02:19:13
Q:
请教sob，如何让SCF只做一圈，不迭代，还要让程序认为已经收敛了？
A:
试试scf=maxcyc=1 IOp(5/13=1)
----------------------------------------------------
2016.12.15 03:08:47
Q:
创腾的培训的确有点圈钱的感觉
每次提问下，都要问是否正版
貌似没买的话，连问题都懒得回答
A:
太功利
----------------------------------------------------
2016.12.15 03:12:02
Q:
您有一篇关于计算点电荷的方法比较中指出，BCC电荷的计算你修改了代码，使其不能执行能量最小化，我搞不懂为什么Amber 要加上最小化一步
而且每次执行最小化是极其费时间的，尤其分子稍微大点
A:
半经验方式的最小化耗时很低，而且如果初始结构不好，获得了电荷也没什么意义
----------------------------------------------------
2016.12.15 03:16:24
Q:
sob老师，您好，我算的一个结果，准备用MULTIWFN进行Adndp分析,输入进去就闪退了，麻烦您帮忙看看？我把输出文件传上来。
A:
把弥散去了再试。这种体系，以及AdNDP分析都完全不需要弥散函数，加了只会添乱
----------------------------------------------------
2016.12.15 03:18:03
Q:
[图片]请问现在这个培训班是不是已经不接受报名了？
A:
不接受了
----------------------------------------------------
2016.12.15 03:20:29
Q:
请问一下，找一个过渡态，是从两个中性分子变成两个自由基的过渡态，是不是可以用guess=fragments来计算？
A:
跟guess=fragments没直接关系
Q:
哦。看了一下手册，没怎么看懂。请问下群主，这种过渡态怎么找？
A:
根据化学直觉摆合适的初猜结构，没具体体系没法说
----------------------------------------------------
2016.12.15 03:21:07
Q:
高通量筛选，还是感觉时间有点高。我想直接mmff94力场优化去算BCC，应该没问题吧？@Sobereva
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.12.15 04:41:51
Q:
int=acc2e=11 算频率的时候加上这个关键词可以使得所占磁盘的空间减小吗？谢谢！
A:
不会减小。没特殊情况也不要加这个，多余。
----------------------------------------------------
2016.12.15 06:19:36
Q:
请问老师通过扫描的方式寻找过渡态，扫描曲线有最低点是怎么回事呢
A:
看结构从物理意义上判断原因。而且没法寻找过渡态，只能帮助你寻找个过渡态初猜
----------------------------------------------------
2016.12.15 06:19:40
Q:
请问谁有与[图片]配套的Gaussian view软件啊，发给我一份吧，谢谢！
win32版的
A:
5.0.9与之完全兼容
----------------------------------------------------
2016.12.15 06:53:01
Q:
G03的吧？我下载了
最近我想配个电脑想双路cpu多核的好还是多节点多核的好找不到linda版好像只能找cpu多核的了
A:
别跨节点，高斯跨节点并行效率很低
如今CPU核数越来越多，越来越没有跨节点的必要
----------------------------------------------------
2016.12.15 07:14:47
Q:
老师，我是扫描的键长，您说的从物理意义上判断原因主要是指结构键长参数吗
A:
即：为什么会有极小点
每一步都相当于限制性优化
----------------------------------------------------
2016.12.15 07:20:42
Q:
今天在考虑溶剂模型的时候突然想到之前sob老师讲过溶剂一般结构的影响不大所以一般建议计算单点的时候才考虑溶剂我想请教各位老师什么情况下溶剂会对结构有较大的影响比如水溶液什么样的分子结构变化会比较大什么性质的分子结构不太变化这个影响的大小怎么衡量？
A:
对普通有机分子通常影响很小，影响大的是那种局部带显著电荷的体系，比如两性离子
鉴于隐式溶剂模型对优化耗时一般也就增加20%左右，如果为了追求绝对保险，总是加上也可以
----------------------------------------------------
2016.12.15 07:30:17
Q:
[图片]请问怎么把这个电子跃迁密度的图转换成下面这样的[图片]
谢谢老师
A:
后处理菜单有导出格点数据的选项，导出成cub文件后拉到gview里，用results-surface/contours界面，显示新的等值面
Q:
直接把激发态的fchk文件在gview里处理吗？
还是在multiwfn里处理？
A:
gview又算不出来跃迁密度，只能multiwfn算完了之后在gview里显示而已
----------------------------------------------------
2016.12.15 07:43:28
Q:
请教一下Sob老师，我想证明一下电荷转移，除了计算电子与空穴之间的距离，还有什么可以提供证据
A:
密度差图
片段电荷差
还有delta_r等指数
Q:
老师，我计算的delta-a mo6结果1.6，b3pw91结果1.8， b3lyp结果2.2，都在2附近，然后看成电荷转移激发可以么
A:
算不算电荷转移激发一看密度差图或者electron-hole图就知道了，先从直觉上判断，然后再通过那些数值定量比较
----------------------------------------------------
2016.12.15 07:45:44
Q:
用6-31g**描述 HCl分子，比6-31g*多用了3个GTO轨道，就说明H的极化函数一下上了三个
但是我记得6-31g**=6-31g(d,p)对轻原子不应该只加一个p轨道吗
A:
是加一层P，不是加一个P基函数
P壳层有PX,PY,PZ
Q:
是这样，那对Cl加d轨道却是每个p加个d总共在6-31g的基础上多了6个GTO
A:
看不懂你说什么
那不叫加d轨道，叫加d极化
----------------------------------------------------
2016.12.15 07:54:47
Q:
老师问一下单点能校正输入文件怎么写…基组写了要加其他什么么
A:
哪有什么所谓的“单点能校正”
Q:
写错了…
就是单点能
A:
# B3LYP/6-31G*
Q:
就没了？
A:
还想写什么
----------------------------------------------------
2016.12.15 09:06:53
Q:
hhhh可以拿去吓女生
A:
虽然是qq国际版看不到视频，但如果是乱七八糟内容，不要在此群发
Q:
一个仿佛是动力学跑出来的视频像密密麻麻的很多虫子在爬[图片]
[图片] Sobereva 分享文件 01:12:53
"130ns大分子扩散运动.mp4" 下载
A:
莫非是这个
[图片]
Q:
[图片]
[表情]Sob这个效果更好
A:
我倒觉得你这个更恶心
----------------------------------------------------
2016.12.15 09:06:53
Q:
[表情]
JCP改版之后，异常难用～～
A:
都是微软带的不正之风
Q:
怎能说不正呢，太正了，全是方块+蓝条
A:
不正是指“不良”
近几年好多期刊网站都改版，都是越改越烂
mol phys也是典型
都不知道现在这些人的审美都怎么了
Q:
应该页面最方便的地方放一个输入Vol Page的框，不知为何好多期刊都不这么干～
A:
是的
希望ACS别跟着干傻事
Q:
现在还是ACS的界面最好
PCCP也还可以
A:
但是输入的是年份而不是vol
Q:
好歹有个page能精准定位～
A:
browse找文章麻烦死了，尤其是一些更奇葩的期刊，列表里面不把每一期的页码范围写上，还得进去挨个看
Q:
听着像TCA
JCP改过之后完全是傻X
A:
但愿JCP会迫于压力改回去
Q:
之前浏览最新的一两分钟完事儿现在要花几倍的时间
A:
不从科研工作者角度出发
RHEL/CentOS从7开始也是，跟风，界面比6差多了
----------------------------------------------------
2016.12.15 15:42:53
Q:
请教一下orca并行的问题,我装的openmpi 2.0,用orca并行时并报错
[图片]
A:
去openmpi目录里找这个文件，有的话把目录加入LD_LIBRARY_PATH
Q:
.bashrc 中给了动态连接库的path
[图片]
所有出现lib的地方都加了path,但是lib里好像没libmpi.so.1
A:
如果有其他版本的libmpi.so，自己创建个link叫libmpi.so.1
----------------------------------------------------
2016.12.15 15:47:05
Q:
ic内转换的速率如何算呢？我看了老师在别人帖子里给出的答案，下载pdf后看到可以用激发态间的能差来计算，可是我不是很懂，算ic速率和荧光速率除了这个以外的区别。对此不是很理解谢谢老师
A:
能量差只是一个简单的估计方法，具体的看此书里的内转换介绍Photochemistry of organic compounds-From Concepts to Practice (Klan, Wirz, 2009)
----------------------------------------------------
2016.12.15 16:55:37
Q:
老师，IRC出现L502和结构优化一个调整方法吗？
A:
当然不是。两码事
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2016.12.15 17:12:47
OA:
但他的甲基迁移两个原子之间跨度比较大，N-O有没有键联关系
Q:
好的
Q:
请问这段话什么意思呀？
OA:
[表情]这分明不是看不懂就是想找人翻译嘛
Q:
真不懂的话哪里、为什么不懂
对，能帮我翻译一下吗？
每句话都不是太明白
OA:
第一句话是用UQCISD（T）计算单点能量；
第二句是用RQCISD（T）计算，没看明白为什么
第三句话好像是用RCCSD(T)计算能量，也没看明白为什么
第二句话用RQCISD（T）计算验证自旋污染的影响
Q: 问一下，优化完之后原子之间的电子密度和波数从哪得到
EmbedCharge这个关键字是不是可以缩写为embed?
OA:
“原子之间的电子密度”没这说法
[图片]
[图片]
Q:
那假如C8-H6之间的电子密度和波数在哪找？
[图片]
OA:
指明哪两个原子之间也还是没这说法。。。
电子密度是三维函数
说电子密度你只能问空间中某个坐标点的电子密度
A:
类似于这种指代不清
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
[图片]
OA:
这一段话没什么不能理解的啊。。都是字面意思
是不是用UQCISD(T)出现了自旋污染，用RQCISD(T)就避免了自旋污染？
而不是为了验证吧？
基于ROHF的QCISD(T)竟然叫“RQCISD(T)”。。。
Q:
什么鬼
OA:
很明显是ROQCISD(T)
我记得加“R”以后，就避免了自旋污染了
是RO，不是E
Q:
也就是说先用UQCISD(T)计算单点，然后用RQCISD(T)再对有自旋污染的计算一遍？
后面的RCCSD(T)那句话是什么意思？
OA:
UQCISD(T) RQCISD(T) 这两个方法都用，来比较
那句话说，虽然RCCSD(T) 很牛逼，可以达到化学精度，但是有人发现RQCISD(T) 在某些情况下会更好一点点（言下之意是，老子不用RCCSD(T)，就用RQCISD(T) 当金标准，不服你打我啊）
qcisd是ccsd的一个近似
对了，刚才说不是“RQCISD(T)”，而是“ROQCISD(T)”？对吗？
Q:
文章上写的是“RQCISD(T)”
应该是RO
还是JCTC的一篇文献呢
[图片]
OA:
别说JCTC，JACS上都有好多问题
[图片][表情]
A:
有些特别小众的后HF方法，虽然基于ROHF轨道，但就是偏偏用R作为前缀。RMP2也是如此，并不是指基于闭壳层HF orbital。所以但凡看到用R前缀的方法算了自旋多重度>1的开壳层体系，只要作者不是菜鸟而是懂行的，一般是指这种情况
QCI根本没有和CC比的必要，CC总是更稳健。QCI偶尔得志一回也说不上什么
----------------------------------------------------
2016.12.15 17:55:35
Q:
各位老师，这样的HOMO-LUMO gap该怎么计算呀？是（1）那样右边减左边，还是（2）那样上边减下面，还是别的方法；甚至是根本没有标准？谢谢[图片]
谢谢老师！@LiYuanhe
A:
[图片]
[图片]
Q:
就是分开算a 的HOMO-LUMO gap 和b的HOMO-LUMO gap?
A:
y
----------------------------------------------------
2016.12.15 18:07:23
Q:
老师请问M062x/aug-cc-pvtz怎么加色散校正？
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2016.12.15 18:28:48
Q:
请问高斯如何在读取chk文件（guess=read）之后生成新的chk文件呢
A:
%oldchk=old.chk
%chk=new.chk
----------------------------------------------------
2016.12.15 18:38:13
Q:
各位前辈好！能不能请教一下：用pop=saveNBO可以做LOBA，那么用pop=nboread产生的fchk可以做LOBA吗？
A:
不能
----------------------------------------------------
2016.12.15 18:53:11
Q:
Adf 应该比高斯贵吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.12.15 19:17:46
Q:
老师您好，对于丁二烯这种离域体系，计算单点时自旋多重度我们应该设置为几？
需要查看键级等信息
A:
1
----------------------------------------------------
2016.12.15 19:26:55
Q:
老师，公社的四个阿里邮箱登陆都需要手机验证
A:
文档里明说了，用客户端
Q:
是按非限制性开壳层考虑吗？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.15 19:34:14
Q:
6-31G*和Def2-svp两个大小是不是差不多
A:
和def2-SV(P)差不多
----------------------------------------------------
2016.12.15 20:08:50
Q:
[图片]
各位老师有知道这个培训班的吗？想打听下这个培训班怎么样。
A:
圈钱的培训
----------------------------------------------------
2016.12.15 20:57:40
Q:
请问这个图片电子云的颜色怎么改啊？[图片]
[图片]想改成这样的
但是没有对应我这个的啊
帖子在哪看呀[表情]
OA:
算基态到激发态的电子云密度
Q:
嗯嗯，我好好研究研究手册
我想算基态到激发态的偶极矩变化的
A:
偶极矩的变化是个矢量，没法导出cub文件
如果你要把密度差格点数据导出，选15
弄清楚基本思路和理论
----------------------------------------------------
2016.12.15 22:15:13
Q:
做IRC如果不用默认的HPC算法的话，LQA, EulerPC, DVV还有GS2哪个质量更好些
A:
GS2
----------------------------------------------------
2016.12.15 23:45:59
Q:
Sob老师，我的运算停止了，这是停止的结尾[图片]
这是输入文件[图片]
A:
仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
----------------------------------------------------
2016.12.16 00:02:47
Q:
请问为什么公社打不开呀，sob老师博文的网站也打不开
A:
明明能打开
----------------------------------------------------
2016.12.16 00:20:02
Q:
求助一篇文献，群里有人可以下载不？
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/smtd.201600014/full
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.12.16 00:25:09
Q:
Multiwfn中可以做S0-T1的TDM分析吗
三态输出的tdmat.txt中都是0，但手册中说[图片]
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.12.16 02:05:32
Q:
sob老师，我在计算能量分解的任务，然后出现[图片]图上错误，我应该怎么修改我的.inp文件
求老师指教
A:
如果用了有过高角动量(h)的赝势基组，换个其它的
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:38:07
Q:
问一下老师，算电子密度时加入cubegen关键词怎么不对？[图片]
A:
cubegen是子程序不是关键词
要产生电子密度格点数据用Multiwfn比用cubegen强百倍，操作容易得多速度快得多
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:42:11
Q:
[图片] 请问这是什么原因？
A:
你自己的问题
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:43:22
Q:
请问sob老师，gaussview中轨道的surface颜色默认不是原来的颜色了，该怎么办？
A:
file-preferences-colors-surface colors-Default
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:45:23
Q:
那么电子密度数据怎么出来@Sobereva
A:
看手册4.5节计算格点数据的例子，算完了选导出格点文件
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:49:52
Q:
请问老师，使用Multiwfn计算各个轨道（s,p,d）的pdos，如何在软件中定义
A:
可
Q:
[图片]这些好像都不能定义轨道
A:
用cond，以条件方式加入基函数
[图片]
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:54:18
Q:
[图片]老师您好，我使用*.31和*.37这两个文件想画出NBO轨道的时候，出现这种错误，我应该怎么修改文件，我在com文件中使用6D 10F 但是也不对@Sobereva
A:
你把用了6d 10f的输入输出文件都传上来
Q:
好的
我的输入输出文件加了6d 10f
A:
你这是产生.47文件的任务，而非产生NBO plot文件的任务
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:57:49
Q:
sob老师我算用高斯算大体系的nbo, 算着就中断了，提示错误
[图片]
A:
甭看命令行的报错，看输出文件的报错
Q:
麻烦sob老师给我看看
A:
看这能有什么用
这种提示只是告诉别人“出错了”而已
frisch焉能猜到是什么导致的？
----------------------------------------------------
2016.12.16 04:58:58
Q:
老师，您好！计算完势能面[图片]的total Energy怎么转化成文献中[图片]的potential energy呢？这两个之间可以相互转化吗？计算结果的能垒大小是否合理呢？谢谢老师
A:
potential energy就是扫描的每个点直接算出来的单点能。
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:00:08
Q:
输出文件最后是NATURAL LOCALIZED MOLECULAR ORBITAL (NLMO) ANALYSIS:
NLMO: NTime= 10000 OffTop= 8.68D-03 Done= 1.00D-06
NLMO: NTime= 20000 OffTop= 3.30D-03 Done= 1.00D-06
也没提示什么错误
A:
字号勿超过12
你这分明是在做NLMO分析，甭做NLMO再试
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:02:33
Q:
老师，高斯结构优化中想用隐性溶剂化模型模拟溶剂DMF (dimethyl formamide)，这种溶剂在高斯里没有自带，这种情况可以模拟吗？应该怎么设置？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
按照此文自定义溶剂，按照DMF设置epsilon
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:03:34
Q:
老师，计算吸收和发射寿命的公式都用爱因斯坦公式吗？磷光的寿命计算涉及到了反锁的旋轨耦合，不是很懂。求老师指点迷津
A:
没有什么吸收的寿命
只有自发发射的寿命，不管荧光磷光都是用爱因斯坦公式
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:05:34
Q:
老师，我用这个每次都退出软件了，是操作问题吗[图片]
A:
操作不对
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:07:52
Q:
老师，我就是要先产生.47文件然后用Windows 版本的NBO5.0计算@Sobereva
A:
直接用自带的NBO3.1产生NBO plot文件不行？
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:09:12
Q:
sob老师，我还是来问能量分解的，我的赝势基组里有高角动量（h），能手动删除吗？
A:
删了会一定程度影响结果，考虑用其它赝势基组
如果非得用这个不可，诸如镧系锕系，只能恰当删除了
----------------------------------------------------
2016.12.16 05:11:23
Q:
[图片]
老师，您看这个，吸收跃迁也有一个时间尺度
A:
这和爱因斯坦公式完全是两码事
显然有时间尺度
----------------------------------------------------

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