|
sob老师在CP2K教材中提及,进行PI+GLE模拟可以去网站:https://gle4md.org在线生成GLE热浴字段的矩阵参数。实际使用过程,遇到一些问题:
网站截图所示:
参数一:Par,set——Ns = 8 ,hw/kt =50 ,original paper(不太懂这个含义);
参数二:N.beads——8(珠子的数目);
参数三:Target —— 300 K;(目标温度)
选择不同的参数一、二、三的组合会有不同的Max. physical frequency with range
[size=14.6667px]Max. physical frequency within range:
[size=14.6667px]ωmax=10294.595732913001 cm^-1
第一次做PI+GLE不懂这些参数的选择逻辑,随缘选了一个进行模拟。体系为32个水分子的三维周期性体系。发现随着模拟的进行体系能量从-500 a.u. 一直下降到-20000 a.u.,很显然参数设置存在问题,导致整个体系能量变化极其不正常。
作为参考,我用最原始的PIMD(即CP2K教程上使用NOSE热浴)进行了计算,0.5 fs步长跑了10000 step,体系能量非常稳定地保持在-546 a.u.。这也说明PI+GLE的参数设置存在问题。
参数一:Ns一直默认都是8,且无法更改。hw/kt这个参数随着数值的增大,Max. physical frequency会显著增加。orginal paper这个参数选与不选也会有差异。不太明白其含义。
参数二:N.beads对应珠子的数量,参数一确定后,增加珠子的数量,Max. physical frequency会减小;而减小珠子的数量,Max. physical frequency则会增大。
参数三:温度参数一般默认都选择300 k,大部分文献都这么做的,遂没进行更改。
疑问一:Max. physical frequency与实际所模拟的体系的相互关系应该怎么考虑?Max. physical frequency应该比我实际模拟体系的最高频率高还是低?例如,所模拟的32水分子体系,最高振动频率大约是3500-3600 cm-1,我在选择不同的参数组会产生的Max. physical frequency应该比3500-3600 cm-1高还是低呢?
疑问二:已经选择了恰当的Max. physical frequency来匹配研究体系,参数一、二应该建立怎么样的选择原则?以及original paper这个参数是什么含义?该如何选择呢?
|
|