如何处理metadynamics方法后处理得到的fes.dat中配位数为负值的部分数据

JCenter

我有一个问题，想向大家寻求帮助：
在cp2k使用metadynamics计算自由能的过程中，选择配位数作为CV。在无偏FPMD中，其CV的波动很小，均方根值为0.001-0.002。然而，峰宽设置近乎为0的0.001-0.002，意味着要填充满CV空间需要添加极多的高斯峰数量，从而造成极高的计算成本。因此，我选择了0.3左右。由于峰宽0.3大于CV波动值,造成在得到的fes.dat中，配位数被扩展到负值，而负值的配位数通常没有物理意义。
1.这种情况下，得到的fes.dat数据还能使用吗。
2.如果可以使用的话，是不是就仅需要考虑配位数列中大于0的部分和其对应的自由能值呢，亦或是其他考虑？

chands

你可以搞个Wall，把配位数限制在正值范围。

JCenter

chands 发表于 2025-7-1 14:17
你可以搞个Wall，把配位数限制在正值范围。

我设置了wall了，低于0.0015，就施加力常数为50kcal/mol的四次势墙。