模拟氨基酸单点突变后蛋白质构象变化能否直接利用Charmm配置文件

张凯

目前研究的一个蛋白质已经得到晶体，但是分辨率一直得不到改善，将其中一个半管氨酸突变掉后，其产量有很大变化，于是猜测突变掉该氨基酸后会不会也会影响晶体的生长（好的一面）

在做晶体试验前想借助动力学模拟一下，但是我刚入门，对力场什么的不是太懂，请问能直接用Charmm-gui配置初始文件嘛？

sobereva

动力学绝对不能什么都不懂的情况下稀里糊涂来做，无论用什么辅助程序，都绝对不可能把动力学模拟过程完全变成黑箱。连力场都不了解完全等于没上过驾校的人就开车上路，能靠运气作做出来合理的模拟且不被审稿人看出问题的几率微乎其微。

对刚入门的人我十分建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）真正从头完整、系统学一遍分子动力学模拟的各种相关知识和GROMACS的使用，这就相当于驾校。里面专门有蛋白质的模拟一节，十分详细讲GROMACS做蛋白质模拟的全流程和后处理分析，给了大量例子，并且还讲做相关模拟必备的结构生物学知识。