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[综合交流] 求助188个原子做sobEDA能量分解时报错

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楼主
按照sob老师的博文在自己的笔记本上(8核16G)配置了sobEDA的使用环境,multiwfn版本(Version 3.8(dev), update date: 2025-Jun-10
),运行实例文件和小体系时没问题,但是运行自己文件188个原子(包含以下元素C、H、O、N、S、F、CL,计算级别6-31G*)计算完fragment后就出错,这是报错信息
Generating fch file of promolecular state via Multiwfn (promol.fch)forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
Multiwfn_noGUI     000000000207EEF3  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007FB4BCC7DB40  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     0000000000556BAC  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     0000000000782FB3  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     0000000000715030  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     0000000000861B2C  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     000000000042B822  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007FB4BCC6730E  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007FB4BCC673C9  __libc_start_main     Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     000000000042B729  Unknown               Unknown  Unknown
mv: cannot stat 'combine.fch': No such file or directory
Running: unfchk promol.fch promol.chk
PGFIO-F-209/OPEN/unit=27/'OLD' specified for file which does not exist.
File name = promol.fch
In source file starut.f, at line number 169
  unfchk() [0xb104e9]
  unfchk() [0xad4a80]
  unfchk() [0xaba7df]
  unfchk() [0xacde22]
  unfchk() [0xacfb2b]
  unfchk() [0xace8db]
  unfchk() [0x47589f]
  unfchk() [0x474e12]
  unfchk() [0x44fa26]
  unfchk() [0x44f4aa]
  unfchk() [0x44f3f4]
  /lib64/libc.so.6(+0x2a30e) [0x7f1489ae930e]
  /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0x89) [0x7f1489ae93c9]
  unfchk() [0x44f2e9]
/home/hkw/Downloads/sobEDA_tutorial/sobEDA.sh: line 159: 11478 Aborted                 (core dumped) unfchk promol.fch promol.chk > /dev/null
Generating Gaussian input file of promolecular state via Multiwfn (promol.gjf)
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file /proc/11486/fd/0
Image              PC                Routine            Line        Source            
Multiwfn_noGUI     000000000207154B  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     00000000020A00D2  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     0000000000867279  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     000000000042B822  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F38A13FA30E  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F38A13FA3C9  __libc_start_main     Unknown  Unknown
Multiwfn_noGUI     000000000042B729  Unknown               Unknown  Unknown
sed: can't read promol.gjf: No such file or directory
sed: can't read promol.gjf: No such file or directory
Running: g16 < promol.gjf &> promol.out
/home/hkw/Downloads/sobEDA_tutorial/sobEDA.sh: line 174: promol.gjf: No such file or directory
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits
在论坛查看了许多例子,修改了G16环境变量export GAUSS_MEMDEF=12GB 和multiwfn的export OMP_STACKSIZE=600M后,运行还是一样的出错,是因为电脑带不动吗,我把计算文件放附件,求大佬们帮忙看看
小白搞了得有半个月了,老师一直催我结果,或者有没有服务器大佬可以有偿帮我算一下,一共三个体系,每个体系三种构型,加起来9个计算任务,感谢



.bashrc

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fragment.txt

22 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

system.xyz

10.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

template.gjf

101 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-10 15:01:36 | 只看该作者 Only view this author
小白搞了得有半个月了,老师一直催我结果,有没有服务器大佬可以有偿帮我算一下,一共三个体系,每个体系三种构型,加起来9个计算任务

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发表于 Post on 2025-7-10 23:10:11 | 只看该作者 Only view this author
确保Multiwfn严格按下文说的方式恰当安装了,否则能用的内存限制极大
Multiwfn在Linux下安装的中文说明
http://sobereva.com/688http://bbs.keinsci.com/thread-40529-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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