GROMACS (2025.2 CPU版) 并行效率测试结果

stishovite

参考GROMACS (2025.2 GPU版) 并行效率测试结果 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社帖子的内容，

测试了GROMACS 2025.2在单路纯CPU（AMD EPYC 9B14 96物理核心）上的并行效率，

结果显示，thread-MPI版效率高于OpenMPI版，效率最高的组合为 -ntmpi 48 -ntomp 2，可达157.21 ns/day，

但仍然远低于5080 显卡加速的 thread-MPI 版Gromacs，（-ntmpi 1 -ntomp 14，可达539.78ns/day）


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Test Configuration                                             | Perf (ns/day)   | GPU Wait (%)    | Bottleneck
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screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np48-omp2                        | 157.21          | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np24-omp4                        | 130.90          | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np12-omp8                        | 125.24          | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np36-omp2                        | 119.26          | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np18-omp4                        | 109.99          | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np9-omp8                         | 99.35           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np32-omp3                        | 95.76           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp72                        | 95.17           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np24-omp2                        | 93.88           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp64                        | 92.77           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp48                        | 91.42           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np16-omp6                        | 91.35           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np12-omp4                        | 90.63           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp96                        | 90.60           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np24-omp3                        | 84.54           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np6-omp8                         | 83.18           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp32                        | 79.40           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np12-omp6                        | 75.83           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np16-omp3                        | 72.15           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np6-omp16                        | 71.18           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np8-omp12                        | 69.79           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp24                        | 67.09           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np6-omp12                        | 64.80           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np8-omp9                         | 61.26           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np8-omp6                         | 61.02           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np4-omp24                        | 59.87           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np48-omp2                          | 58.84           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np3-omp32                        | 57.56           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np3-omp16                        | 57.11           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp16                        | 56.79           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np3-omp24                        | 54.83           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np4-omp18                        | 54.42           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np4-omp12                        | 54.38           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np2-omp24                        | 50.26           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np2-omp36                        | 48.52           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np2-omp48                        | 47.86           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp8                         | 46.14           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np36-omp2                          | 43.38           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp12                        | 43.14           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np24-omp4                          | 39.71           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np32-omp3                          | 38.55           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np12-omp8                          | 37.64           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np18-omp4                          | 36.61           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np16-omp6                          | 34.47           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np24-omp2                          | 33.72           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np9-omp8                           | 32.31           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np16-omp3                          | 30.50           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np24-omp3                          | 29.14           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np8-omp12                          | 28.20           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np6-omp8                           | 28.01           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np12-omp6                          | 27.04           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np12-omp4                          | 26.63           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_threadmpi-mode_cpu-np1-omp4                         | 25.83           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp32                          | 25.80           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np6-omp16                          | 24.71           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp24                          | 24.59           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp48                          | 24.11           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np6-omp12                          | 23.89           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np8-omp9                           | 23.82           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np8-omp6                           | 23.43           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp16                          | 22.00           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np4-omp18                          | 21.84           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np4-omp12                          | 21.46           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np3-omp16                          | 21.13           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp64                          | 20.95           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np4-omp24                          | 20.92           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np3-omp24                          | 20.22           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp72                          | 19.50           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp12                          | 18.35           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np2-omp24                          | 18.02           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np2-omp36                          | 17.18           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp8                           | 17.08           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np3-omp32                          | 14.85           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp4                           | 13.04           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np2-omp48                          | 12.45           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
screen-gmx_openmpi-mode_cpu-np1-omp96                          | 12.37           | N/A             | CPU Only Run (N/A)
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