求助，VMD可视化gro文件，发现select water有问题

wait-wu · 发表于 Post on 2025-7-17 22:25:32

vmd的可视化窗口的select是根据什么索引的呀？如图1，这是selet all的可视化，当选择select water时候，就没有显示图像，我看了一下gro文件，发现TIP3水变成TP3了（是正常的吗？看了一下，从头到尾都是TP3，现在跑了50ns，gromacs是能识别TP3吗。）然后我试着把TP3替换为TIP3，VMD可视化发现直接不识别水了，select all的时候都没显示水。可能问题有点小白，还请各位慷慨解惑，谢谢大家！

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-18 01:28:07

gromacs是识别拓朴中的内容，gro和拓朴的相符就好，不管是叫SOL TIP 还是WAT

vmd select 试试用resname TP3

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-18 07:21:44

自己看gro里的残基名一列实际是什么

VMD手册里写了对water的定义

其它残基名自己用resname选中

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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