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[新手求助] gaussian计算在不同强度电场作用下自由能垒,反应速率,偶极矩等变化规律的疑问

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楼主
本帖最后由 llliii 于 2025-7-27 14:53 编辑

各位老师好,我计算了孔雀石绿的阳离子部分与羟基自由基的反应,反应如图(电荷与自旋多重度设置为1 2)。
我在M06-2X/6-31G(d,p)水平对结构进行优化,找到过渡态,沿着两个成键原子的方向加了电场。在B2PLYPD3/def2TZVP水平计算了高精度单点能,然后计算出了自由能。发现当外加正向电场时,自由能垒降低,反应速率增大。但是我又计算了偶极矩和自旋密度的变化,发现随着正向电场强度的增大,偶极矩和自旋密度却减小了。原子周围自旋密度的减小应该代表着未成对电子数量的减小,这与反应速率的规律是否相悖了呢?想请各位老师看一下为什么会出现这种情况。


202507261053084725..png (60.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

计算得到的数据

计算得到的数据

202507271451478169..png (54.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

反应图

反应图

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发表于 Post on 2025-7-26 14:07:00 | 只看该作者 Only view this author
反应的电子数没配平。先把电子数搞对再说
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-26 15:53:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 llliii 于 2025-7-27 10:33 编辑
wzkchem5 发表于 2025-7-26 14:07
反应的电子数没配平。先把电子数搞对再说

老师,您好,图1是我参考的一篇文献中的反应步骤,所以我把图画成了这样,或许我应该改成图2,我有些不确定,可否请您看一下?

202507271032016294..png (54.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图2

图2

202507261552341733..png (95.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1

图1

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发表于 Post on 2025-7-26 21:30:34 | 只看该作者 Only view this author
llliii 发表于 2025-7-26 15:53
老师,您好,图1是我参考的一篇文献中的反应步骤,所以我把图画成了这样,或许我应该改成图2,我有些不确 ...

氢的数目没配平。
先自己检查有没有配平,确认配平了再问我们画得对不对
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-27 10:57:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-7-26 21:30
氢的数目没配平。
先自己检查有没有配平,确认配平了再问我们画得对不对

老师,您好,我对之前回复您的内容中的图2进行了修改,我理解为·OH的未配对电子和C原子形成了共价键,双键连接的另一个C原子有一个新的未配对电子,这也是我氢的数目没配平的原因。这个产物再得到一个电子才能形成文献中中性的分子。

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发表于 Post on 2025-7-27 14:37:53 | 只看该作者 Only view this author
llliii 发表于 2025-7-27 10:57
老师,您好,我对之前回复您的内容中的图2进行了修改,我理解为·OH的未配对电子和C原子形成了共价键,双 ...

现在对了,可以按这个算。
此外,如果文献没有证明羟基自由基只能加在这里的话,最好也考虑羟基自由基与分子其他部分反应的可能性
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-27 14:59:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-7-27 14:37
现在对了,可以按这个算。
此外,如果文献没有证明羟基自由基只能加在这里的话,最好也考虑羟基自由基与 ...

感谢您的指导,我把帖子修改了。老师,我的电荷和自旋多重度设置的1 2,没有影响到计算的结果。现在算出来的规律是我之前描述的那样,是没有分析的价值吗,所以您建议我考虑羟基自由基和其他部分反应的可能。

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发表于 Post on 2025-7-27 16:17:27 | 只看该作者 Only view this author
llliii 发表于 2025-7-27 14:59
感谢您的指导,我把帖子修改了。老师,我的电荷和自旋多重度设置的1 2,没有影响到计算的结果。现在算出 ...

你的总体系是带电的,研究带电体系在电场里的行为,先确认gauge有没有选对。参见https://www.faccts.de/docs/orca/ ... ite-electric-fields
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-27 16:51:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-7-27 16:17
你的总体系是带电的,研究带电体系在电场里的行为,先确认gauge有没有选对。参见https://www.faccts.de/d ...

好的,谢谢您

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