用于gmx和cp2k的服务器配置求助

emmawhalelee

大家好，硬件小白向大家请教服务器配置。现因工作需要，计划自费购买一台服务器，预算3w左右，放在家中使用。

目前计算任务主要是gromacs和cp2k（AIMD任务居多）。以最大体系估算，gromacs大约在20万原子左右，跑数百ns；cp2k计算体系约1500原子，PBE-D3基组。

经过阅读sob老师购机推荐和经验贴及论坛硬件板块，计划在sob老师推荐的基础上取舍。如果要兼顾以上计算需求，请教大家如何调整？是否需要改善CPU性能？

以下引用自sob老师博文（http://sobereva.com/444）。
**极高性能分子动力学服务器推荐配置**  
CPU：AMD Ryzen 9 9950X（16核，散片，集显）  
主板：技嘉B650M AORUS ELITE 小雕  
CPU、主板套装价约4850  
散热器：酷冷至尊暴雪T620S  170  
硬盘：希捷 银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)  1430  
显卡：技嘉魔鹰RTX4090D 24GB 18500  
内存：2×金士顿FURY 32GB DDR5-5600  2×680  
电源：先马XP1200 700  
机箱：先马黑洞PRO 250  
键盘鼠标：罗技MK200 有线键鼠套装  80  
总价：约27300

望不吝赐教，感谢！

tonganlhy

你两个需求所需要的机子不太一致。gromacs的gpu普通游戏显卡即可满足，cp2k的需要双精度计算卡。
对于你cp2k的需求估计9950X勉强可以跑，但可能很不理想。
比较合理的方案是配两个机子，一个用博文444推荐的5080显卡，这台专门用来跑gromacs。另外配一台单路7B13或者双路7532/7k62来跑cp2k。这样总预算跟你目前的差不多。

emmawhalelee

tonganlhy 发表于 2025-7-27 09:59
你两个需求所需要的机子不太一致。gromacs的gpu普通游戏显卡即可满足，cp2k的需要双精度计算卡。
对于你cp ...

多谢老师回复，请问如果两个任务取舍一下，主要以cp2k为主（因为单位有一台性能还算可以的服务器用来跑gmx），能不能在以下双路服务器的基础上添置一块显卡呢（家里没有太多位置）？

CPU：2*AMD EPYC 7R32（单颗48核96线程，满载3.3 GHz） 2*2500
主板：技嘉MZ72-HB2或超微H12DSi-N6  约5400（H12DSi-N6的拆机的便宜得多）
显卡：<新增显卡
内存：16*32GB=512GB 镁光/现代/三星DDR4-3200 ECC REG  16*300
固态硬盘1：三星PM9A1 2TB（系统/程序/个人文件盘） 1080
固态硬盘2：三星PM9A1 2TB（临时文件读写盘） 1080
M.2转PCI-E 4.0 4x卡（主板只有一个M.2口）：20
电源：先马黑钻1000 400
机箱：追风者614PC + 3个普通14 cm机箱风扇  750
散热器：2*猫头鹰NH-U12S TR4-SP3双风扇  2*670
键盘鼠标：罗技MK200 有线键鼠套装  80
总价：约20000

牧生

7R32我倒不知道，但我导用了7K62，然后配了个5080，我去试了下，典型的小马拉大车。根本带不动。。

emmawhalelee

牧生 发表于 2025-7-27 17:32
7R32我倒不知道，但我导用了7K62，然后配了个5080，我去试了下，典型的小马拉大车。根本带不动。。

是不是带不动cp2k？我也试过一个7K62+4080s，跑gmx还可以，跑cp2k不行…

David_R

I've not personally used GPUs for FP64 computations, although I have worked with collaborators that used CP2K (They used A100s for acceleration). However, if I were to approach building cost-effective hardware for this application, I would consider V100s. They are quite affordable, and you could fit three 16GB PCI-e V100s on the MZ72/H12DSi-N6 motherboards.

emmawhalelee

已购买，多谢大家在本帖中的指教

emmawhalelee

David_R 发表于 2025-7-27 21:51
I've not personally used GPUs for FP64 computations, although I have worked with collaborators that  ...

Thank you for your kind response. Unfortunately I am quite a freshman on hardware, and I trust in sobereva so I just follow the suggestion from his blog.

牧生

emmawhalelee 发表于 2025-7-27 20:05
是不是带不动cp2k？我也试过一个7K62+4080s，跑gmx还可以，跑cp2k不行…

7K62跑CP2K挺好的。但7K62带不动5080

z1065480896

牧生 发表于 2025-7-27 17:32
7R32我倒不知道，但我导用了7K62，然后配了个5080，我去试了下，典型的小马拉大车。根本带不动。。

7k62配30显卡就够了