请问我用cp2k跑出的结果在VMD上算配位数并不理想是为什么？

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-7-30 16:12:29

请问我用cp2k跑出的pdb文件，在VMD上算锌和氧的配位数并不理想是为什么？

reid · 发表于 Post on 2025-7-31 20:24:42

感觉你这个体系太稀疏，不密集。是不是应该先跑个NPT。原来我也是用cp2k跑这种，后来看了卢老师的帖子，果断转向了Gromacs。用Gromacs跑出6配位还是比较容易，但是cp2k就是比较难。原来用orca算金属离子6配位的水，发现第6个水很难配上

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-8-1 15:17:48

reid 发表于 2025-7-31 20:24
感觉你这个体系太稀疏，不密集。是不是应该先跑个NPT。原来我也是用cp2k跑这种，后来看了卢老师的帖子，果 ...

谢谢！请问是哪篇帖子，可以分享一下吗？

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