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[GROMACS] 如何合理选取扩散系数的拟合区间

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本帖最后由 Tracy民工 于 2025-8-1 16:44 编辑

一般拟合扩散系数会去掉震荡或者突然陡增的部分,那请问像图1中这种斜率出现变化,但是比较平缓的40ns-50ns区间应该选取吗?还是说选取完全接近直线的那部分呢(5ns-37ns)?
请问图2这种如何选取呢?

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扩散系数

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图2

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发表于 Post on 2025-8-1 22:13:11 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-2 11:04:49 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师,请问为啥到了平衡相后面反而不稳定了呢

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发表于 Post on 2025-8-2 11:40:52 | 只看该作者 Only view this author
Tracy民工 发表于 2025-8-2 11:04
谢谢sob老师,请问为啥到了平衡相后面反而不稳定了呢

时间尺度增加后微观运动模式也会变复杂,不再适用简单的扩散系数公式。但你说的“到了平衡相后不稳定是什么意思?”,难道你50ns的模拟不是来自预平衡后的生产相吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-2 16:28:27 | 只看该作者 Only view this author
wanglg 发表于 2025-8-2 11:40
时间尺度增加后微观运动模式也会变复杂,不再适用简单的扩散系数公式。但你说的“到了平衡相后不稳定是什 ...

是的,是生产相,不好意思,想错了

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发表于 Post on 2025-8-2 21:11:42 | 只看该作者 Only view this author
Tracy民工 发表于 2025-8-2 11:04
谢谢sob老师,请问为啥到了平衡相后面反而不稳定了呢

越往后统计误差越大
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)幻灯片了解原理:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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