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[GROMACS] 求助能量最小化后体系能量还是很高

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老师们我模拟的是li在固态聚合物电解质中的传输,首先计算了litfsi和聚合物的resp电荷,然后用packmol产生174个锂离子、174个tfsi离子、20个聚合物链均匀混合的12*12*12nm的立方盒子,名为mix1.pdb,之后又通过sobtop产生上述聚合物和锂离子基于GAFF力场的itp、top、以及gro文件,由于tfsi离子利用guess的形式有几处二面角参数为0,因此我利用fchk文件,采用mSeminario method
计算了相应参数,后来写了主top文件,相应文件已上传。


问题1:用gromacs做了能量最小化的计算后,发现体系的能量还是很大,想问问是哪一方面出了问题

问题2:考虑到可能是盒子建的大小的原因,又重新将盒子建大,还是一样的问题

希望老师们指点一二。



pc-peotwo.pdb

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li.pdb

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tfsi.pdb

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pc-peotwo.top

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li111.itp

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li111.top

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htfsi4.itp

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htfsi4.top

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min.mdp

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文件.zip

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发表于 Post on 2025-8-2 21:08:55 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题。凡是柔性普通有机分子(无论中性还是离子),一律应当默认用GAFF或GAFF2,而不是基于Hessian计算力常数,认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-2 21:31:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-2 21:08
老生常谈的问题。凡是柔性普通有机分子(无论中性还是离子),一律应当默认用GAFF或GAFF2,而不是基于Hessi ...

老师,我tfsi离子一开始用的gaff力场,但dihedrals 参数有的不存在,如图所示,假如用这个这种情况不会影响模拟吗?我聚合物用的gaff力场,我单独将聚合物进行了能量最小化,他的能量也是超级高,没降下去

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发表于 Post on 2025-8-2 22:00:52 | 只看该作者 Only view this author
huangzi 发表于 2025-8-2 21:31
老师,我tfsi离子一开始用的gaff力场,但dihedrals 参数有的不存在,如图所示,假如用这个这种情况不会影 ...

尝试GAFF2,带的参数更多

明明受力都已经收敛了,在意能量高低毫无意义,这根本不是你需要关注的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-2 22:03:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-2 22:00
尝试GAFF2,带的参数更多

明明受力都已经收敛了,在意能量高低毫无意义,这根本不是你需要关注的

好的谢谢sob老师,我现在重新尝试一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-3 02:22:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangzi 于 2025-8-3 02:24 编辑
sobereva 发表于 2025-8-2 22:00
尝试GAFF2,带的参数更多

明明受力都已经收敛了,在意能量高低毫无意义,这根本不是你需要关注的

卢老师,我尝试用了gaff2发现还是missing,如图所示,那接下来是要按照这样模拟吗?还是换一种方法啊

202508030223164389..png (18.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2025-8-3 02:43:34 | 只看该作者 Only view this author
huangzi 发表于 2025-8-3 02:22
卢老师,我尝试用了gaff2发现还是missing,如图所示,那接下来是要按照这样模拟吗?还是换一种方法啊

如果追求严谨,做二面角势能面扫描并拟合参数,补进sobtop的bonded_param.dat。如果对这个分子自身构象并不关心,bonded_param.dat里找其它的二面角势函数凑合借用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-3 10:43:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-3 02:43
如果追求严谨,做二面角势能面扫描并拟合参数,补进sobtop的bonded_param.dat。如果对这个分子自身构象并 ...

好的谢谢老师

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