求助用gromacs命令gmx density算密度分布得到的结果是三维还是二维的？

gaochangcheng · 发表于 Post on 2025-8-4 18:45:58

这是我用的gromacs命令：gmx density -f md.xtc -s md.tpr -d z -o density.xvg -dens mass -ng 2 -symm -sl 500，得到了氮气，铁体系的二者密度分布，我的问题是：铁是一个实心颗粒，氮气是不可能进入铁颗粒内部的，但是根据密度分布图显示铁颗粒内部有氮气的密度分布，是为什么呢？氮气的密度分布不应该是从0先上升，在2nm处有一个小峰（因为铁吸引氮气在周围有聚集），后面下降一点均匀分布吗？如图2手绘的绿色线。如果这个密度分布的命令是沿盒子某一个轴的二维分布是不是就可以解释了？即分布在周围，内部没有。

student0618 · 发表于 Post on 2025-8-4 19:29:41

本帖最后由 student0618 于 2025-8-4 19:38 编辑

看来你想算的是rdf不是density?
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-rdf.html

你的gmx density 命令中的 -d z 指的就是沿z軸的density。
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-density.html

sobereva · 发表于 Post on 7 day ago

当前根本不适合用gmx density
你得到的是不同的Z值的XY截面上的密度分布曲线，根本不适合描述这种体系的结构特征
描述这种体系由内到外的粒子分布特征需要自己写VMD tcl脚本，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里我就给了现成的分析例子

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