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各位大佬，我在进行石墨电极-电解液界面的模拟，考察界面离子分布情况，示意图如图，在建模时遇到困难。
查阅文献，目前有两种建模方案，我都进行了尝试，但都卡在了建模。
方案一。先把电解液体相用NPT跑平衡，后在两侧加石墨电极，用NVT继续跑。我尝试了这种方案，电解液体相使用NPT时，需要盒子的X和Y尺寸不变，以匹配石墨电极的尺寸。这里我使用了pcoupltype = semiisotropic，X和Y的可压缩系数设为0。但是跑完发现，X和Y的尺寸仍有明显变化，如附件的图中所示。我的问题是，有无其他有效的方法，能使电解液体相在NPT过程中，X和Y的尺寸能够保持不变，只有Z的尺寸变化。输入文件见附件。
方案二。直接固定两石墨电极的X和Y的尺寸，以及固定两石墨电极中间的Z的尺寸。根据已有的XYZ的尺寸填入电解液，直接NVT。我的问题是，电解液中的阴阳离子、溶剂分子的数量如何确定？
最后一个问题，我应该继续采用上述两种方案建模，还是有其他的更好的方案可以借鉴？
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box-X Y.jpg
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方案一中X和Y的尺寸变化
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草图.png
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模拟示意图
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eq.mdp
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方案一中我尝试的输入文件
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mix.top
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方案一中我尝试的输入文件
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发表于 Post on 2025-8-5 13:19:10
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楼主 Author
，碰巧点进来就看到了。当时跑完了体相的模拟后，根据平衡后的密度和分子个数的比例，建立了两极板之间的电解液的模型，然后把两极板的结构文件和电解液的结构文件拼在一起就可以了。当然做法很多种，只是我当时是这么去做的，因为我有现成的电极模型的结构文件，所以就这么干了，比较方便。