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各位大佬,我在进行石墨电极-电解液界面的模拟,考察界面离子分布情况,示意图如图,在建模时遇到困难。
查阅文献,目前有两种建模方案,我都进行了尝试,但都卡在了建模。
方案一。先把电解液体相用NPT跑平衡,后在两侧加石墨电极,用NVT继续跑。我尝试了这种方案,电解液体相使用NPT时,需要盒子的X和Y尺寸不变,以匹配石墨电极的尺寸。这里我使用了pcoupltype = semiisotropic,X和Y的可压缩系数设为0。但是跑完发现,X和Y的尺寸仍有明显变化,如附件的图中所示。我的问题是,有无其他有效的方法,能使电解液体相在NPT过程中,X和Y的尺寸能够保持不变,只有Z的尺寸变化。输入文件见附件。
方案二。直接固定两石墨电极的X和Y的尺寸,以及固定两石墨电极中间的Z的尺寸。根据已有的XYZ的尺寸填入电解液,直接NVT。我的问题是,电解液中的阴阳离子、溶剂分子的数量如何确定?
最后一个问题,我应该继续采用上述两种方案建模,还是有其他的更好的方案可以借鉴?
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box-X Y.jpg
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方案一中X和Y的尺寸变化
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草图.png
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模拟示意图
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eq.mdp
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方案一中我尝试的输入文件
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mix.top
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方案一中我尝试的输入文件
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