top文件与gro/pdb结构文件顺序对照问题

Wxh18130507355 · 发表于 Post on 6 day ago

本帖最后由 Wxh18130507355 于 2025-8-6 15:54 编辑

sob老师下午好！我按照您所说的方法，将阴离子与阳离子作为整体来重新构建模型，构建模型后的gro文件或者pdb文件中原子的排序是按照F2No4S2-、Li、No3-、Li这样交叉向下重复排序的，与之前阳离子与阴离子单独插入时的排序不同（之前是按照F2No4S2-、No3-、Li这样向下排序的），以我目前对于gromacs的认知，现在的这种排序我不知道如何使得主top里的molecules与gro/pdb结构文件里的原子顺序对应上，报错信息如下

如果我将主top里的molecules分别改为 THP、LiF2No4S2、LiNo3，仍然会报错显示小分子的itp文件中不存在LiF2No4S2、LiNo3这两个的moleculestype，请问sob老师我应该如何解决这个问题正常完成能量最小化呢

所有输入文件：

7.rar (53.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

topol.top (1.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

THP10electrolyte.gro (211.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

THP.itp (13.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

No3-.itp (1.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Li.itp (152 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

F2No4S2-.itp (5.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

em.mdp (1.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 5 day ago

[molecules]里也按照交叉顺序写，保持跟结构文件一致，比如
A 1
B 1
A 1
B 1
...

Wxh18130507355 · 发表于 Post on 5 day ago

sobereva 发表于 2025-8-7 02:11
[molecules]里也按照交叉顺序写，保持跟结构文件一致，比如
A 1
B 1

好滴老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] top文件与gro/pdb结构文件顺序对照问题

浏览过的版块