使用gromacs模拟短直链淀粉和酚酸，结果淀粉链断开，该如何调整参数

ztymeow · 发表于 Post on 6 day ago

如题，体系中是1个包含15个葡萄糖的短直链淀粉和5个没食子酸分子，力场分别使用charmm36-jul2021.ff和GAFF。在使用gmx trjconv生成动画后发现链接葡萄糖的α1-4糖苷键全部断开。

student0618 · 发表于 Post on 6 day ago

本帖最后由 student0618 于 2025-8-6 18:34 编辑

1. charmm36 和GAFF不可混用，建议用glycam + GAFF。
2. 檢查拓朴成键。
3. 多糖的糖苷键位置怎么好像多了颗氢？不知有没有看错，手机下载不了来看。

tptp · 发表于 Post on 6 day ago

拓扑关系不对，首先力场搭配不对，用glycam力场做淀粉这种多糖这是第一。第二点拓扑关系不正确，检查top文件里本应该成键的C和O原子，bond项应该是缺失的，可以自己补上，不过估计键角和二面角也是缺失的。可以重新使用tleap生成glycam力场的淀粉拓扑文件

ztymeow · 发表于 Post on 5 day ago

student0618 发表于 2025-8-6 18:31
1. charmm36 和GAFF不可混用，建议用glycam + GAFF。
2. 檢查拓朴成键。
3. 多糖的糖苷键位置怎么好像多 ...

好的感谢解答

ztymeow · 发表于 Post on 5 day ago

tptp 发表于 2025-8-6 21:38
拓扑关系不对，首先力场搭配不对，用glycam力场做淀粉这种多糖这是第一。第二点拓扑关系不正确，检查top文 ...

还有个问题是，mdp文件参数应当以什么标准来调整，或者在哪可以找到相关的模板文件。麻烦您了

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[GROMACS] 使用gromacs模拟短直链淀粉和酚酸，结果淀粉链断开，该如何调整参数