模拟盐水结冰动力学阶段出现报错系统不平衡错误

sarphuart

各位老师好，最近在模拟盐水结冰，以 sob 老师培训班上的模板为基础，纯水的模拟没有任何问题，随后使用下列指令插入钙离子和氯离子到水溶液区域

• gmx grompp -f em.mdp -c ice_water_renum.gro -p ice_water.top -o ions.tpr
• gmx genion -s ions.tpr -o ice_water_ions.gro -p ice_water.top -pname CA -nname CL -conc 0.3
• gmx grompp -f em.mdp -c ice_water_ions.gro -p ice_water.top -o ions2.tpr -maxwarn 1
• gmx genion -s ions2.tpr -o ice_water_ions2.gro -p ice_water.top -nname CL -nn 5
  

此时体系电荷中和，随之将三点水改为四点水，原子顺序重新整理。
直接使用了讲义 103 页 ppt 模拟水结冰的 em.mdp 文件，进行能量极小化
最后使用讲义上的 md.mdp 文件进行 50 ns 分子动力学出现报错
Fatal error:
5 particles communicated to PME rank 2 are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.
尝试了修改 mdp 文件参数、进行 npt 预平衡等还是出现这种情况，请问各位老师这种情况是我插入离子的步骤/方式/参数出现了问题，还是 mdp 平衡参数出现问题呢
[url=]ice_water.top[/url]

sobereva

top文件看不出什么必然问题
遇到这种情况就先尽可能把问题简化，诸如姑且先用三点水模型试试，以及不加离子试试，以及不区分ICE和SOL试试。通过对比总能定位原因。另外，当前拓扑文件没给全，也没法判断ICE的moleculetype是怎么定义的。提问这种问题时应尽可能把mdrun之前的grompp用到的所有文件都一次性给齐。

sarphuart

sobereva 发表于 2025-8-7 02:07
top文件看不出什么必然问题
遇到这种情况就先尽可能把问题简化，诸如姑且先用三点水模型试试，以及不加离 ...

谢谢老师，尝试了不区分ICE和SOL，发现是 itp 的问题，统一 SOL 已经解决。
还有一个问题想请教老师，我想在使用残基名 SOL 和 ICE 区分水方便之后的操作，他们的仅残基名不同参数都一致，我修改了 tip4p-ice.itp 中的 SOL 为 ICE，生成一个单独的冰 tip4p-ice_ICE.itp，然后在 top 文件分开两个文件 #include "tip4p-ice_ICE.itp"和#include "tip4p-ice.itp"，在最后mdrun的阶段就会出现 The [molecules] section of your topology specifies more than one block of a [moleculetype] with a [settles] block.
Only one such is allowed.
请问老师，这种冰和水仅残基名不同参数一致情况应该怎么处理好呢

sobereva

sarphuart 发表于 2025-8-7 12:02
谢谢老师，尝试了不区分ICE和SOL，发现是 itp 的问题，统一 SOL 已经解决。
还有一个问题想请教老师，我 ...

用[settles]的只能有一个[moleculetype]
考虑用其它方式实现你的目的，要么不用刚性水

sarphuart

sobereva 发表于 2025-8-7 16:49
用[settles]的只能有一个[moleculetype]
考虑用其它方式实现你的目的，要么不用刚性水

好的，谢谢老师