求助：配体限制文件中的索引序号

crush

我想做一个蛋白-小分子体系的拓扑文件跑动力学，蛋白拓扑用gromacs做，小分子从蛋白中提取出来用高斯算能量，Multiwfn_3.8拟合RESP电荷，Sobtop制作拓扑
但是Sobtop出来的小分子拓扑中原子索引是1开始的，而我的复合物gro文件是从序号4459开始的，我用gro文件做小分子的限制文件时原子索引也是4459开始，这样的话就和拓扑文件中的序号对不上了，报错：原子索引超过范围



请问各位老师，这种情况 我把gro文件中小分子的序号从1开始重新编，然后再做小分子的位置限制文件，这样的做法是否正确？
还是说sobtop产生小分子的gro文件后直接做限制文件？