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[GROMACS] 求助 : 小分子RMSD曲线跳跃

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我使用Gromacs模拟了50ns的蛋白小分子复合物,任务正常结束后计算体系的RMSD,蛋白的RMSD还算平稳,但是小分子的RMSD发生了跳跃,我用 -pbc nojump 和  mol 都试了之后小分子的RMSD依然是跳跃,看了轨迹之后,只有小分子中靠近溶剂区域的环己烷构象变化较大,但是一个环的变化会导致这种RMSD跳跃吗? 还是说轨迹没有处理好呢 (RMSD计算时参考的是第一帧)

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2#
发表于 Post on yesterday 20:33 | 只看该作者 Only view this author
认真看下文里RMSD部分,该说的都说了。结合VMD显示的轨迹图像看,显示出盒子,自然知道怎么回事
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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