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[GROMACS] 设置了碳纳米管的周期性,为什么聚合物还是会跑到碳管内部?

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本帖最后由 NGC626 于 2025-8-14 22:07 编辑

各位老师好,我在模拟碳纳米管和聚合物吸附的动力学过程时,对碳管设置了周期性,但是在动力学过程后,聚合物仍然会跑到碳管内部,请问是mdp文件中的设置没有生效吗?如果不是的话,请问可能是什么原因导致的呢?体系中有两根碳管,一根弛豫,另一根是完全放开的,分别用AA和BB表示。

CNT.7z

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社会浮躁

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发表于 Post on yesterday 22:11 | 只看该作者 Only view this author
我没时间具体看这些文件。跑到碳管内部,要么是盒子尺寸不对,导致纳米管实际上不是周期性的,聚合物从两端进入了。VMD里把盒子显示出来看轨迹便知
要么是初始结构本来聚合物就在盒子里
要么是LJ参数不对,导致纳米管没表现出对聚合物位阻作用
没什么其它可能了
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 22:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2025-8-14 22:29 编辑
sobereva 发表于 2025-8-14 22:11
我没时间具体看这些文件。跑到碳管内部,要么是盒子尺寸不对,导致纳米管实际上不是周期性的,聚合物从两端 ...

谢谢sob老师回复,在初始建模的时候,聚合物没有摆放在在碳管中,各分子的拓扑文件也是利用sobtop生成,力场参数应该也没有问题,动力学轨迹里显示,在0.5ns的时候,聚合物的支链就进入了碳管内,体系中的碳管长度大约是2nm,之前看到您的这条回复(盒子尺寸),所以我把盒子的尺寸设得比较大,是7*7*8,请问需要把盒子的尺寸改小一点吗?
社会浮躁

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发表于 Post on yesterday 22:43 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2025-8-14 22:20
谢谢sob老师回复,在初始建模的时候,聚合物没有摆放在在碳管中,各分子的拓扑文件也是利用sobtop生成, ...

显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段,而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必须和纳米管尺寸一致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 22:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-14 22:43
显然这么大盒子会导致这是有限长度的纳米管片段,而不是无限长度的周期性纳米管
顺着纳米管方向的盒子必 ...

好的,谢谢sob老师
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