Multiwfn分子旋转问题

xiaowandouer · 发表于 Post on 2017-4-7 15:09:44

今天在学习用Multiwfn做一个分子的spin density，用的版本是3.3.9

分子中有78个原子，尝试用程序的up、down、left、right等键旋转分子，但总也得不到让人满意的角度，不知道是自己对软件的应用不够熟练，还是程序本身对于分子的旋转无法做到像GaussView那样自如？

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-4-7 16:37:50

你可以用VMD画图，软件长处在快速产生轨道

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-7 18:19:28

旋转时候角度步长是固定的。你可以导出自旋密度的.cub文件，然后用VMD（最推荐）、gview、chemcraft、molekel之类显示成等值面，角度就可以随意控制了。

xiaowandouer · 发表于 Post on 2017-4-8 09:52:50

sobereva 发表于 2017-4-7 18:19
旋转时候角度步长是固定的。你可以导出自旋密度的.cub文件，然后用VMD（最推荐）、gview、chemcraft、molek ...

谢谢社长，电脑上正好有chemcraft，搞定！gview，对于我这个体系在电脑上基本转不动。

byymem · 发表于 Post on 2017-4-8 12:19:46

sobereva 发表于 2017-4-7 18:19
旋转时候角度步长是固定的。你可以导出自旋密度的.cub文件，然后用VMD（最推荐）、gview、chemcraft、molek ...

sob老师，请问下您，Multiwfn原子编号好像是和gv是一致，但是和vmd是不一致吗
一般是以什么原则进行编号的呢？一般的可视化程序原子编号不是采用统一规则吗

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-8 14:09:21

byymem 发表于 2017-4-8 12:19
sob老师，请问下您，Multiwfn原子编号好像是和gv是一致，但是和vmd是不一致吗
一般是以什么原则进行编号 ...

都是一致的，编号都是根据输入文件里的原子顺序来定的

byymem · 发表于 Post on 2017-4-8 20:27:16

sobereva 发表于 2017-4-8 14:09
都是一致的，编号都是根据输入文件里的原子顺序来定的

谢谢社长

byymem · 发表于 Post on 2017-4-9 09:07:40

sobereva 发表于 2017-4-8 14:09
都是一致的，编号都是根据输入文件里的原子顺序来定的

哦，原来如此，vmd从0开始编号的，难怪，多谢社长

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-9 11:28:51

byymem 发表于 2017-4-9 09:07
哦，原来如此，vmd从0开始编号的，难怪，多谢社长

VMD有两种原子编号，index和serial，前者从0开始，后者从1开始

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